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Une thérapie génique qui a du chien

Long Long Life thérapie génique

Une thérapie génique qui a du chien

Rajeunir votre très cher animal de compagnie pour le garder plus longtemps en bonne santé et en vie ? Il s’agit là d’une idée pour laquelle certains propriétaires de chien seraient prêts à dépenser sans compter. Et si, en plus, les fonds levés par ces propriétaires profitaient à l’Homme dans le cadre de la lutte contre le vieillissement ? C’est l’idée qu’a eu une start-up américaine, Rejuvenation Bio, pour faire avancer la recherche sur la thérapie génique contre le vieillissement chez l’Homme. En ciblant le marché vétérinaire canin, les scientifiques espèrent pouvoir développer puis appliquer les thérapies anti-vieillissement à l’Homme [1,2,3].

Rejuvenation Bio est une jeune start-up américaine basée à Harvard et qui a été co-fondée par le célèbre biologiste George Church, professeur à Harvard et au MIT. Impliqué dans de nombreuses entreprises du milieu de la santé, son nom est également associé aux premières méthodes de séquençage de génome et à l’optimisation de la technologie CRISPR/Cas9, entre autres [2].

Qu’est-ce que la thérapie génique ?

Long Long Life thérapie génique

Rejuvenation Bio est donc une compagnie qui a pour but de développer les thérapies géniques afin de lutter contre le vieillissement chez le chien, et in fine chez l’Homme. La thérapie génique est une technique thérapeutique par laquelle un nouveau gène est introduit dans une cellule ou un tissu pour soigner une pathologie. Cette méthode permet de modifier ou remplacer un gène défaillant ou non, ou d’en modifier l’expression. A l’heure actuelle, la thérapie génique est utilisée en traitement dans le cadre de pathologies comme le cancer ou l’hémophilie.

Dans la lutte contre le vieillissement, utiliser la thérapie génique pour améliorer la longévité est encore au stade de concept, mais en développant la méthode chez l’animal, la finalité d’un tel traitement chez l’Homme se précise. Rejuvenation Bio a bien compris le double intérêt de développer cette stratégie thérapeutique. Élaborer un programme de thérapie génique chez le chien permettrait d’obtenir les résultats d’une telle technique sur un organisme complexe et de lever les fonds nécessaires à son application chez l’Homme. Dans sa stratégie, la start-up voudrait doubler la durée de vie des chiens et faire vivre les hommes jusqu’à 130 ans [3].

Les fondements scientifiques derrière l’initiative

Il a été montré, chez des organismes modèles simples tels que le ver C. elegans ou la mouche drosophile, que modifier l’expression de certains gènes pouvait allonger la durée de vie, voire la doubler. L’idée, ici, est d’appliquer ce principe aux chiens, et si cela marche, l’appliquer à l’Homme. A l’heure actuelle, la start-up a effectué de nombreux tests chez les souris et quelques-uns chez le chien, mais il est difficile de connaître le nombre exact d’animaux traités car la compagnie reste discrète sur ces chiffres. Il semblerait néanmoins que les essais se soient fait sur des Beagles, et que la compagnie cherche à tester une thérapie génique ciblée sur les Cavaliers King Charles, une race qui souffre d’une défaillance cardiaque, fatale pour la moitié de ces chiens vers l’âge de 10 ans. Si les premiers tests sur les chiens sont concluants, la start-up pourrait commencer à faire des essais sur l’Homme, dont le professeur Church qui se porte volontaire [1,3].

Long Long Life thérapie génique

Un tel projet rencontre évidemment un certain scepticisme. Si la start-up voit en cette idée un moyen de développer la thérapie génique chez l’Homme, il semble peu probable pour certains propriétaires de chiens qu’une clientèle puisse exister [1]. Rejuvenation Bio souligne la relative facilité de soumission des dossiers permettant des études cliniques chez le chien auprès de la FDA (Food and Drug Administration), un processus plus rapide et moins contraignant que chez l’Homme. Bien que ces études cliniques sur des mammifères complexes soient nécessaires, les doutes quant à un effet thérapeutique chez le chien subsistent. Certains chercheurs soulignent également les potentiels effets secondaires de la thérapie génique. Enfin, les éthiciens voient en l’allongement de la durée de vie des chiens des problèmes qui pourraient surgir si les chiens vivent plus longtemps que leur maître, à savoir une surpopulation en refuge ou l’augmentation des euthanasies [3].

Rejuvenation Bio a donc imaginé une méthode assez controversée pour développer la thérapie génique contre le vieillissement de l’Homme. Les essais sont en cours chez l’animal, mais il reste à la compagnie à prouver l’efficacité de la thérapie génique et à convaincre les plus sceptiques de son intérêt. Un tel dispositif permet néanmoins d’envisager un nouveau procédé thérapeutique dans la lutte contre le vieillissement chez l’Homme.

Références

[1] https://www.technologyreview.com/s/611018/a-stealthy-harvard-startup-wants-to-reverse-aging-in-dogs-and-humans-could-be-next/

[2] https://endpoints.elysiumhealth.com/george-church-profile-4f3a8920cf7g-4f3a8920cf7f

[3] https://www.thetimes.co.uk/article/harvard-start-up-rejuvenate-bio-aims-to-increase-human-lifespan-to-130-years-zgthd3dz7

Anne Fischer

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Anne is studying medicine science at the Institute of Pharmaceutical and Biological Science in Lyon and she has graduated with a Bachelor’s degree in molecular and cellular biology at the University of Strasbourg.

More about the Long Long Life team

Anne étudie les sciences du médicament à l’Institut des Sciences Pharmaceutiques et Biologiques de Lyon. Elle est titulaire d’une licence en biologie moléculaire et cellulaire de l’Université de Strasbourg.

En savoir plus sur l’équipe de Long Long Life

Transhumanisme et vieillissement : Lettre Fight Aging! 14 mai 2018

Long Long Life fight aging transhumanisme et vieillissement

Fight Aging! Extraits

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Fight Aging! fournit un résumé hebdomadaire des actualités et des commentaires pour des milliers d’abonnés intéressés par la science de la longévité: progrès en matière de contrôle médical du vieillissement afin de prévenir la vulnérabilité, la souffrance et les maladies liées à l’âge, ainsi que pour fournir des améliorations dans la compréhension actuelle de ce qui fonctionne et ce qui ne fonctionne pas lorsqu’il s’agit de prolonger une vie saine. Attendez-vous à voir des résumés des récents progrès de la recherche médicale, des nouvelles de la communauté scientifique, des initiatives de collecte de fonds pour accélérer le travail sur la réparation et l’inversion du vieillissement, des liens vers des ressources en ligne, et bien plus encore.

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Extraits de Fight Aging! :

  • Les ARN circulaires sont énigmatiques et leur nombre augmente avec l’âge
  • La matrice extracellulaire peut déterminer la capacité de régénération des mammifères
  • Le microbiome intestinal comme cause contribuant à la sarcopénie
  • HMGB1 accélère la régénération tissulaire en augmentant l’activité des cellules souches
  • Enterrer les cellules mortes nécessite une signalisation oxydative

Les ARN circulaires sont énigmatiques et leur nombre augmente avec l’âge

De vastes pans de la biochimie cellulaire demeurent relativement inexplorés et non catégorisés. Tout processus ou composant cellulaire découvert au cours des vingt à trente dernières années présente encore, à tout le moins, des lacunes importantes dans l’ensemble des connaissances qui s’y rapportent. Les cellules dans leur ensemble ne sont en aucun cas entièrement comprises au niveau du détail – et c’est exactement la raison pour laquelle, si nous voulons voir des progrès significatifs vers le rajeunissement humain dans les prochaines décennies, l’approche adoptée doit être d’inverser les causes profondes connues du vieillissement, tout en altérant le moins possible la façon dont les cellules fonctionnent, et de laisser les cellules s’occuper de tout le reste. D’autres approches sont basées sur la modification du mode de fonctionnement des cellules. Il faut beaucoup trop de nouveaux travaux et de nouvelles connaissances pour pouvoir les mettre en œuvre en toute sécurité ou même comprendre comment produire des résultats efficaces.

Le sujet d’aujourd’hui est l’ARN circulaire, une forme d’ARN assez répandue dans les cellules, mais qui n’a été découverte que dans les années 1990. Ces molécules sont très variées dans leur forme et leur fonction, et la nature exacte de ces fonctions reste largement inconnue. Il est intéressant de noter que le document en libre accès que je vais souligner aujourd’hui rapporte que le nombre d’ARN circulaires augmente à l’intérieur des cellules avec l’âge, en particulier dans les cellules à longue durée de vie. Est-ce que cela signifie qu’ils sont importants dans le vieillissement ? Peut-être, peut-être pas. C’est un sujet à surveiller dans les années à venir, mais le milieu de la recherche est actuellement loin d’être en mesure de répondre à des questions de ce genre concernant les ARN circulaires. Les travaux sont toujours axés sur les fondements d’une compréhension de base. Le type d’enquête approfondie sur les relations et les mécanismes qui a lieu pour d’autres formes d’ARN est encore à venir pour les ARN circulaires.

Accumulation globale d’ARN circulaires pendant le vieillissement chez Caenorhabditis elegans

Les ARN circulaires ont récemment été identifiés comme une famille naturelle d’ARN endogènes largement répandus et diversifiés. Il s’agit de molécules très stables, générées principalement par l’épissage des gènes codant pour les protéines. Les tendances d’expression des ARN circulaires n’émergent que récemment. La plupart des ARN circulaires sont dérivés de gènes codant pour les protéines et, par conséquent, l’un des défis de la cartographie et de la quantification des ARN circulaires consiste à distinguer les lectures qui peuvent être attribuées uniquement aux molécules circulaires par rapport aux ARN linéaires émanant du même gène. Les éléments situés à l’intérieur des exons circulaires qui entourent les introns jouent un rôle dans la promotion de la biogenèse de l’ARNcir, et il a été démontré que plusieurs protéines de liaison de l’ARN et facteurs d’épissage influencent l’expression de l’ARNcir.

Malgré l’intérêt actuel pour les ARN circulaires, leurs fonctions ne font que commencer à émerger. Des rapports récents ont identifié les rôles des ARN circulaires dans la régulation de la transcription, la fixation des protéines et la séquestration des microARN. Certains ARN circulaires peuvent être traduits par des mécanismes indépendants des capuchons pour générer des protéines. De plus, les ARN circulaires ont été impliqués dans l’immunité antivirale, et les schémas d’expression des ARN circulaires dans le cerveau suggèrent qu’ils pourraient remplir des fonctions importantes dans le système nerveux.

Plusieurs études sur les séquences d’ARN ont montré que les ARN circulaires s’expriment différemment au cours du vieillissement. Plus de 250 ARN circulaires ont augmenté dans l’expression des tissus de la tête des drosophiles entre 1 et 20 jours. Des tendances à l’augmentation de l’expression de l’ARN circulaire ont également été identifiées au cours du développement embryonnaire/postnatal de la souris, ce qui suggère que l’accumulation de l’ARN circulaire pourrait commencer tôt dans le développement. Nous avons récemment signalé que les ARN circulaires étaient biaisés par rapport à l’accumulation de l’âge dans le cerveau de la souris. Dans l’hippocampe et le cortex, ~5% des ARN circulaires exprimés ont augmenté de 1 mois à 22 mois, alors que ~1% ont diminué. Cette tendance à l’accumulation était indépendante des changements linéaires d’ARN provenant de gènes apparentés et n’a donc pas été attribuée à la régulation transcriptionnelle. L’accumulation d’ARNcirc au cours du vieillissement pourrait être le résultat d’une stabilité accrue des ARNcirc par rapport aux ARN linéaires. La déréglementation liée à l’âge de l’épissage alternatif conduisant à une augmentation de la biogénèse de l’ARN circulaire pourrait également jouer un rôle.

C. elegans est un organisme modèle puissant pour l’étude du vieillissement. Auparavant, des milliers d’ARN circulaires étaient annotés à partir de données sur les besoins en ARN obtenues à partir de spermatozoïdes, d’ovocytes, d’embryons et de jeunes adultes non synchronisés. Ici, nous avons annoté les ARN circulaires à partir de données d’ARN total très profondes obtenues de C. elegans à différents points de vieillissement et nous avons découvert 575 nouveaux ARN circulaires. Une tendance massive à l’augmentation des niveaux d’ARN circulaires avec l’âge a été identifiée. Cette accumulation en fonction de l’âge était indépendante des changements linéaires d’ARN provenant de gènes hôtes communs. Nos résultats suggèrent que la résistance de l’ARN circulaires à la dégradation dans les cellules post-mitotiques est en grande partie responsable des tendances de régulation de l’âge vers le haut identifiées ici chez C. elegans, et possiblement dans les tissus neuraux d’autres animaux.

La matrice extracellulaire peut déterminer la capacité de régénération des mammifères

Très peu de temps après la naissance, les mammifères sont capables d’accomplir de bien plus grands exploits de régénération que les individus plus âgés. Le milieu de la recherche a déployé beaucoup d’efforts pour déterminer pourquoi c’est le cas, bien que beaucoup moins de progrès aient été réalisés ici que dans les recherches sur la biochimie d’espèces hautement régénératives comme les salamandres et les poissons zèbres. Cet article de vulgarisation scientifique rend compte de l’état actuel des connaissances et de l’incertitude. Il semble peu probable à l’heure actuelle que des progrès médicaux découlant de cette ligne de recherche soient réalisés dans un avenir proche, car d’après son apparence, il reste encore beaucoup à faire pour établir une base de compréhension suffisante pour commencer à parler de thérapies.

Les souris nouveau-nés sont capables de réparer les tissus cardiaques endommagés mieux que les animaux blessés quelques jours plus tard dans leur vie. Ce qui explique cette capacité de régénération, et quand et pourquoi elle disparaît, sont des questions restées sans réponse. Un nouveau rapport postule que la matrice extracellulaire (MEC) entrave le renouvellement des tissus cardiaques. Les chercheurs ont également constaté que les cicatrices étaient minimes chez les souris blessées le premier jour de leur vie, mais les dommages survenus par la suite, ne serait-ce qu’un jour plus tard, ont entraîné de grandes cicatrices fibrotiques. D’autres scientifiques sont sceptiques quant au fait que ce que les chercheurs ont observé est une véritable régénération, arguant que l’équipe n’a pas réellement montré la croissance de nouveaux muscles. « Il y a un problème dans ce domaine de recherche que nous comptons sur cette marque de fibrose parce que l’étendue de l’excroissance ventriculaire est très difficile à déterminer. Si la fibrose est absente, les gens sont très désireux de conclure :  » OK, c’est la régénération « . Mais ce n’est pas la preuve d’une repousse myocardique. »

Parce que le cœur du mammifère adulte ne peut pas se régénérer à un degré significatif, une blessure, telle que celle causée par une crise cardiaque, endommage irrévocablement le muscle et peut finalement mener à l’insuffisance cardiaque et à la mort. À la suite d’un article publié en 2011 qui montrait que les souris nouveau-nés pouvaient régénérer leur cœur après l’ablation d’un morceau, certains scientifiques ont commencé à spéculer que s’ils pouvaient comprendre les mécanismes derrière ce renouvellement et les récapituler chez les victimes de crises cardiaques humaines, ils pourraient être en mesure de prévenir l’insuffisance cardiaque. Selon les chercheurs, le fait de déterminer avec précision le moment où cette capacité cesse au cours de la première semaine de vie pourrait permettre d’identifier les facteurs en cause. On savait que les cellules du muscle cardiaque continuent de copier leur ADN pendant quelques jours après la naissance, de sorte que l’une des idées était que la capacité de renouvellement du cœur pourrait être liée à cette réplication.

Les chercheurs découpent les extrémités apicales du cœur des souris nouveau-nés le jour 1, 2, 3, 3, 4 ou 9 après la naissance. Trois semaines plus tard, les chercheurs ont sacrifié les souris et réexaminé leur cœur. Les animaux dont le cœur a été prélevé le premier jour présentaient des cicatrices minimales et les cœurs avaient à peu près la même taille et la même forme que ceux des animaux témoins. Par contre, les animaux qui ont subi une chirurgie cardiaque le jour 2, 3, 4 ou 9 présentaient de grandes cicatrices fibrotiques au lieu d’une repousse. Étant donné les différentes récupérations des souris du jour 1 et du jour 2, l’équipe a cherché des différences entre les transcriptomes des animaux. « Nous nous attendions à trouver des différences dans les gènes du cycle cellulaire, mais ce n’était pas le cas. La principale différence que nous avons trouvée était dans les gènes liés à la matrice extracellulaire. » Le groupe a constaté une régulation générale à la hausse des gènes pour les composants ECM et a ensuite montré que les ECM des coeurs de souris du jour 2 étaient environ 50 % plus rigides que ceux des coeurs du jour 1.

Pour déterminer si la rigidité et la régénération de l’ECM étaient causalement liées, les chercheurs ont perturbé la formation de l’ECM chez les chiots en développement. Ils ont traité les chiots avec β-aminopropionitrile (BAPN) – un inhibiteur de l’enzyme de réticulation ECM LOX – pendant la grossesse (via l’eau potable des mères) et pendant trois jours après la naissance (via le lait maternel). Par conséquent, les chiots de trois jours ont pu régénérer leur cœur avec une réduction significative de la fibrose par rapport aux témoins dont les MEC étaient intacts. D’autres chercheurs notent que la preuve que ces souris régénèrent réellement le tissu cardiaque n’a pas été fournie, mais l’équipe est confiante : « Quand il n’y a pas de régénération, vous pouvez voir que l’apex ventriculaire du cœur manque un peu et est remplacé par une tache blanche (une cicatrice). En revanche, il n’est pas possible de distinguer, morphologiquement, un cœur qui s’est complètement régénéré d’un cœur qui n’a pas été amputé ».

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Le microbiome intestinal comme cause contribuant à la sarcopénie

La sarcopénie est le nom donné aux manifestations plus graves de la perte caractéristique de masse et de force musculaire liée à l’âge qui se produit chez toutes les personnes âgées. Un examen de la littérature permettra de trouver des débats en cours sur de nombreuses causes possibles de cette dégénérescence musculaire, dont certaines sont mieux documentées que d’autres, dont beaucoup sont liées les unes aux autres : un apport alimentaire inférieur en protéines chez les personnes âgées ; une incapacité à traiter correctement les acides aminés alimentaires, en particulier la leucine ; une dégénérescence des connexions entre le muscle et le système nerveux ; une diminution de l’activité des populations de cellules souches musculaires ; une inflammation chronique telle que celle produite par les cellules sénescentes ; un manque d’exercice, en particulier l’entraînement musculaire ; et ainsi de suite. De mon point de vue, je dirais que l’explication des cellules souches est de loin la plus solide, mais il faut alors réfléchir à la raison pour laquelle les populations de cellules souches sont en déclin.

Le document en libre accès ici pèse avec des pensées sur les changements liés à l’âge dans les types et le comportement des bactéries dans l’intestin comme cause contributive de la sarcopénie. Une grande attention a été accordée au microbiome intestinal dans le contexte du vieillissement au cours des dernières années. Il est très probablement du même degré d’influence que le régime alimentaire lorsqu’il s’agit de la relation entre le métabolisme et les variations naturelles du rythme du vieillissement, car il joue un rôle de médiateur dans l’alimentation. Ces bactéries produisent également une vaste gamme de composés qui affectent les populations cellulaires dans tout le corps de diverses façons, et semblent particulièrement pertinentes dans l’inflammation chronique qui survient chez les personnes âgées. Mais est-ce aussi important que d’autres mécanismes pour favoriser l’accumulation des formes de dommages cellulaires et tissulaires décrites dans les propositions de recherche sur le rajeunissement de SENS, qui à leur tour produisent des résultats tels que le déclin des cellules souches ? Peut-être, peut-être pas.

La perte progressive de la masse musculaire squelettique et de la force/fonction, appelée sarcopénie, est de plus en plus reconnue comme un déterminant pertinent des résultats négatifs pour la santé en fin de vie. Cependant, la connaissance incomplète de la pathophysiologie de la sarcopénie entrave l’identification de cibles qui pourraient être exploitées pour le développement de médicaments. De plus en plus de preuves suggèrent que les innombrables micro-organismes qui peuplent le système gastro-intestinal des mammifères (microbiote intestinal) sont étroitement liés au processus de vieillissement de leur hôte. En effet, cette communauté microbienne, composée principalement de bactéries, participe à des activités cruciales de la barrière intestinale, y compris la génération de métabolites essentiels à plusieurs fonctions de l’hôte et la médiation des effets chimiques exogènes sur leur hôte.

Les changements liés à l’âge dans la composition bactérienne du microbiote sont bien connus, et les altérations du microbiote intestinal induites par le régime alimentaire peuvent affecter la santé des personnes âgées. Cependant, la complexité du microbiote intestinal des mammifères et les défis techniques liés à l’isolement de variantes microbiennes spécifiques de la « prolongevité » limitent la connaissance du microbiote au profilage taxonomique et métagénomique. Les fonctions des gènes microbiens individuels et les mécanismes moléculaires par lesquels ils interviennent dans le vieillissement de l’hôte n’ont pas encore été élucidés. On en sait encore moins sur les implications de la diaphonie du système microbiotique sur le vieillissement musculaire.

La plupart des changements microbiens intestinaux observés au cours du vieillissement sont attribuables à la composition du régime alimentaire. Les facteurs environnementaux et comportementaux, y compris la perte de sensation, la perte de dents, les difficultés de mastication, les changements de style de vie, la consommation accrue d’aliments riches en sucre et en matières grasses et la réduction des aliments à base de plantes ont été suggérés pour influencer les variations du régime alimentaire en fonction de l’âge. Dans l’ensemble, les données actuelles soutiennent un lien entre le vieillissement et les altérations microbiotiques en s’appuyant sur une boucle pro-inflammatoire. Dans ce contexte, le déclin de la fonction masticatoire lié à l’âge ainsi qu’une réduction de l’appétit et de la motilité gastro-intestinale induisent des changements alimentaires (réduction des fruits et légumes) qui se reflètent dans le réarrangement microbiotique (dysbiose). Cette altération, à son tour, peut activer une boucle pro-inflammatoire alimentée par l’immunosénescence du tissu lymphoïde associé à l’intestin, libérant des médiateurs pro-inflammatoires qui favorisent les réarrangements microbiotiques.

Le microbiote intestinal joue un rôle crucial dans le maintien de l’équilibre des réponses pro-inflammatoires et anti-inflammatoires. Les microbiotiques intestinaux vieillissants peuvent provoquer une réaction inflammatoire et présenter une capacité moindre à contrer les microbes indésirables ou à éliminer leurs métabolites. L’entrée des agents pathogènes dans la muqueuse intestinale est également facilitée par la sécrétion de mucines par les cellules épithéliales intestinales, qui est déclenchée par une réduction des niveaux d’acides gras à chaîne courte (AGCS) dans l’intestin. L’AGCS sert dans l’intestin non seulement comme source d’énergie pour les cellules épithéliales du côlon, mais aussi comme molécules anti-inflammatoires fortes qui régulent le métabolisme et l’immunité de l’hôte. L’augmentation de la perméabilité intestinale aux lipopolysaccharides (LPS) est un autre élément à l’appui d’un lien mécaniste entre la dysbiose microbienne et l’inflammation systémique.

Dans un tel contexte, l’inflammation chronique peut représenter le trait unificateur des altérations microbiennes et le développement de conditions de perte musculaire à un âge avancé grâce à une diaphonie microbiote-musculaire intestinale. Les acteurs moléculaires impliqués dans ce processus ne sont pas encore bien compris, mais les résultats de plusieurs études indiquent la contribution pertinente des changements microbiens et de l’activité de l’intestin au répertoire des molécules inflammatoires impliquées dans le milieu caractérisant le vieillissement musculaire. Il s’agit là d’une question importante qui devra faire l’objet d’études futures pour élucider les voies de signalisation qui peuvent servir de cibles pour les interventions.

HMGB1 accélère la régénération tissulaire en augmentant l’activité des cellules souches

Les chercheurs décrivent ici une méthode qui consiste à pousser les cellules souches de plusieurs tissus différents vers une plus grande activité, accélérant ainsi la régénération à la suite d’une blessure et améliorant potentiellement l’entretien continu des tissus. Avec quelques décennies de plus de développement, la médecine régénérative ne ressemblera probablement guère aux approches actuelles de la transplantation cellulaire et reposera plutôt sur une combinaison (a) de molécules de signalisation ou de contrôle du comportement cellulaire, et (b) de réparation des dommages qui s’accumulent dans des populations cellulaires importantes, telles que les cellules souches. Si les cellules souches sont maintenues dans un état bien entretenu et qu’on peut leur demander d’agir au besoin, une composante majeure de la progression du vieillissement sera éliminée. Il s’agit, bien sûr, d’un très grand projet. Il existe des centaines de types de cellules dans le corps, et chaque tissu a ses propres populations de cellules souches distinctes, toutes très différentes les unes des autres. L’état actuel de la recherche sur les cellules souches n’est qu’un premier pas sur une longue route.

Les cellules souches adultes sont une composante essentielle de l’homéostasie tissulaire et jouent un rôle indispensable dans le renouvellement physiologique et la réparation tissulaire à la suite d’une lésion. Le potentiel régénérateur des cellules souches a été très efficace pour les troubles hématologiques. En revanche, il y a eu relativement peu d’impact clinique sur l’amélioration de la régénération des organes solides malgré un intérêt scientifique et public majeur et continu. Les stratégies qui reposent sur l’expansion ex vivo des cellules souches autologues sur une base individuelle sont d’un coût prohibitif, et le succès dans les modèles animaux n’a souvent pas réussi à se traduire dans les essais cliniques de phase tardive. L’utilisation de cellules allogéniques permettrait de surmonter les problèmes d’approvisionnement limité, mais implique généralement une thérapie immunosuppressive risquée à vie. L’innocuité des cellules souches pluripotentes induites demeure préoccupante. De plus, la greffe réussie de cellules souches exogènes sur les sites de lésions tissulaires nécessite une niche inductive de soutien, et le lit cicatriciel pro-inflammatoire typique dans les tissus receveurs endommagés est sous-optimal.

Une autre stratégie attrayante, qui permet de surmonter bon nombre des limites décrites ci-dessus, consiste à promouvoir la réparation en exploitant le potentiel de régénération des cellules souches endogènes. Pour ce faire, il faut identifier les principaux médiateurs solubles qui améliorent l’activité des cellules souches et qui peuvent être administrés de façon systémique. Une observation intéressante a été faite en 1970 : une blessure d’amorçage à un site éloigné au moment du deuxième traumatisme ou avant celui-ci a accéléré la guérison. Ce phénomène n’a été expliqué que récemment, lorsqu’il a été démontré qu’un médiateur soluble est libéré à la suite de la lésion du tissu primaire qui fait passer les cellules souches ailleurs dans le corps à un état que les auteurs appellent GAlert, qui est intermédiaire entre G0 (quiescence) et G1. En présence de facteurs d’activation, les cellules GAlert amorcées entrent dans le cycle cellulaire plus rapidement que les cellules souches quiescentes, ce qui accélère la réparation tissulaire. Cependant, l’identité des médiateurs solubles qui font la transition des cellules souches vers GAlert reste à clarifier.

Notre intérêt de longue date pour les lésions tissulaires s’est récemment centré sur les alarmes, un groupe de molécules endogènes sans rapport avec l’évolution avec divers rôles intracellulaires homéostatiques, qui, lorsqu’elles sont libérées par des cellules mourantes, blessées ou activées, déclenchent une réponse immunitaire/inflammatoire. Beaucoup d’efforts ont été consacrés à leur rôle délétère dans les maladies auto-immunes et inflammatoires, et parmi les quelques études qui ont étudié leur rôle dans la réparation tissulaire, aucune n’a utilisé une combinaison de tissus humains et de modèles de lésions animales multiples pour caractériser leurs effets sur les cellules souches adultes endogènes in vivo. Nous montrons ici que HMGB1 est un médiateur clé en amont de la régénération tissulaire qui agit en faisant passer les cellules souches squelettiques, hématopoïétiques et musculaires CXCR4+ de G0 à GAlert et que, en présence de facteurs d’activation appropriés, l’administration exogène avant ou au moment de la lésion entraîne une réparation tissulaire accélérée.

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Enterrer les cellules mortes nécessite une signalisation oxydative

La recherche porte ici sur la façon dont les débris de cellules mortes sont éliminés, ce qui doit se produire efficacement afin d’éviter l’inflammation et d’autres problèmes dans les tissus. Comme c’est le cas d’une série de processus bénéfiques dans le corps, il s’avère que cela nécessite un certain niveau de signalisation oxydative. C’est probablement l’une des raisons pour lesquelles l’utilisation générale à long terme des antioxydants semble être, tout compte fait, modestement nuisible à la santé et à la longévité. Le processus est intéressant dans le contexte des travaux récents sur la nécroptose, une forme assez récemment découverte de mort cellulaire programmée qui entraîne des débris cellulaires inflammatoires, ainsi que des considérations passées sur les débris cellulaires en tant que mécanisme par lequel l’excès de tissu adipeux produit une inflammation chronique. Est-ce que ce genre de choses est important dans la progression du vieillissement, plus une cause fondamentale de nombreux problèmes plutôt qu’une conséquence en aval de processus de maintenance défaillants ? C’est une question intéressante.

Des milliards de cellules meurent chaque jour à cause de l’usure régulière, du renouvellement des tissus et d’une réponse inflammatoire. Le corps consacre une quantité significative d’énergie à la reconnaissance spécifique et à l’absorption de ces cellules mortes par des voies spécifiques. Si vous n’enterrez pas les cellules mortes, elles peuvent éclater et causer des dommages, mais les mécanismes sous-jacents sont incomplètement caractérisés. Aujourd’hui, les chercheurs ont découvert comment la NADPH-oxydase est activée pour générer des espèces réactives de l’oxygène (ROS) dans les macrophages, une sorte de globules blancs qui mangent les cellules mortes. Ces cellules sont également impliquées dans l’élimination des virus et des bactéries.

La présence de ROS est critique car sa génération entraîne des mécanismes supplémentaires impliqués dans la digestion des cadavres cellulaires pour fonctionner à un niveau optimal. Ceci permet au macrophage de compléter le processus de digestion de l’efferocytose. « Indépendamment de leur rôle dans la destruction microbienne, nous sommes de plus en plus appréciés pour leur rôle énorme dans la régulation de la réponse immunitaire de l’hôte. La découverte de ce rôle de la ROS dans la clairance des cellules mortes permet de mieux comprendre comment les oxydants agissent en limitant l’inflammation de l’hôte plutôt qu’en l’activant. Lorsque notre corps produit trop ou trop peu de ROS, nous devenons prédisposés aux maladies auto-immunes et aux inflammations chroniques. Produire juste assez – le niveau optimal – c’est ce qu’il faut. »

Transhumanisme : Les causes du vieillissement selon les théories d’Aubrey de Grey

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Transhumanisme : Les causes du vieillissement selon Aubrey de Grey

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SHARE Conference from Beirut, Lebanon - SENS FOUNDATION / AUBREY DE GREY

Le Dr Aubrey de Grey est l’une des figures emblématiques de la recherche contre le vieillissement. Il est le co-fondateur de SENS, un institut de recherche situé en Californie, dédié à la recherche anti-âge et majoritairement centré sur la médecine régénérative. Il a publié en 1999 un livre intitulé « The Mitochondrial Free Radical Theory of Aging« , dans lequel il explique que les dommages infligés à la mitochondrie au cours de notre vie sont les principaux responsables de notre vieillissement. Il crée par la suite un journal scientifique, Rejuvenation Research, dédié à la publication de recherches dans le domaine du vieillissement. Enfin, il est lui-même impliqué dans ces recherches, en temps que bio-informaticien, et participe régulièrement à des congrès, plus ou moins grand public. Sa conférence TED a connu un grand succès. Plus récemment, il a co-écrit un nouvel ouvrage « Ending Aging« , encore plus poussé que son premier livre.

Le but d’Aubrey de Grey ? Trouver un moyen de ralentir le vieillissement en remplaçant ou modifiant nos cellules.

Les interventions de gérontologie, gériatrie et d’ingénierie contre le vieillissement

Selon Aubrey de Grey, le vieillissement peut être défini très simplement. Nous avons un métabolisme cellulaire, qui correspond à tout ce qui nous permet de vivre d’un jour à l’autre et fait fonctionner nos cellules. Ce métabolisme accumule, au cours du temps, des dommages, liés intrinsèquement à son fonctionnement qui n’est pas sans erreurs. Ces dommages, lorsqu’ils s’accumulent causent des pathologies et nous font vieillir.

Les théories de Aubrey de Grey reposent essentiellement sur un constat : les approches actuelles de gérontologie et de gériatrie ne sont pas des outils suffisants ou suffisamment au point pour permettre un ralentissement efficace du vieillissement. Il explique que l’approche gérontologique, qui consiste à intervenir en amont des dommages cellulaires qui se mettent en place au cours de notre vie, ne dispose aujourd’hui pas d’outils assez puissants pour être efficaces. Ce manque d’outils s’accompagne d’un manque de connaissances global de notre métabolisme. D’un autre côté, l’approche gériatrique, qui intervient après l’apparition des dommages cellulaires et tente de prévenir l’apparition de pathologies, est, selon lui, une course contre le temps perdue d’avance.

C’est pour cela qu’il se concentre sur une approche d’ingénierie, dont le but n’est pas la prévention mais le traitement pur et simple du vieillissement. En effet, en gérontologie, si l’on s’intéresse au métabolisme, la liste des voies de signalisation, des protéines, des enzymes… impliquées dans les processus le définissant est infinie ! En gériatrie, si l’on se restreint à prévenir certaines maladies, d’autres pourront apparaître et il n’est pas possible de prendre en compte la totalité des maladies existantes. A l’inverse, avec l’approche ingénierie de Aubrey de Grey, la lutte contre le vieillissement va se focaliser sur les dommages cellulaires, dont la liste est très restreinte et a très peu varié au cours des 100 dernières années.

Les sept causes du vieillissement selon Aubrey de Grey

D’après Aubrey de Grey, les dommages cellulaires peuvent être classés en sept parties interconnectées. Ces sept causes sont inchangées depuis le début des années 1980, impliquant qu’il y peu de choses encore à découvrir dans ce domaine. Ce constat est encourageant, car il nous limite à quelques mécanismes bien définis, contrairement à l’étude du métabolisme (approche gérontologique) ou à celle des pathologies (approche gériatrique), beaucoup plus complexes et toujours en cours de découverte !

Déchets intracellulaires
Déchets intercellulaires
Mutations nucléaires
Mutations mitochondriales
Perte des cellules souches
Augmentation des cellules sénéscentes
Augmentation des liens protéiques intercellulaires

La gestion des déchets cellulaires

Lorsque notre métabolisme fonctionne et afin de produire les protéines dont nous avons besoin, de permettre la division des cellules ou de synthétiser des hormones ou des métabolites nécessaires à la fonction de nos organes, nos cellules vont également produire des déchets qui doivent être évacués. Comme pour tous les phénomènes métaboliques, ces processus de « poubelle cellulaire » vont bien fonctionner en début de vie et vont s’affaiblir avec le temps.  La notion de déchet extracellulaire a notamment été mise en évidence en 1907 par Aloïs Alzheimer, qui a donné son nom à la maladie qu’il a caractérisée. En effet, dans la maladie d’Alzheimer, des protéines s’accumulent en-dehors des neurones empêchant leur connexion avec les autres cellules environnantes et provoquent leur mort (voir La maladie d’Alzheimer).

La notion de déchet intracellulaire a été découverte par Strehler en 1959. Selon lui, le processus de vieillissement a quatre caractéristiques : il est destructif, il est progressif (donc irréversible), il est intrinsèque (et c’est cela qui nous intéresse) et il est universel. Les déchets cellulaires, en plus de s’accumuler entre les cellules, peuvent également être stockés dans les cellules, lorsque la machinerie « camion-poubelle » s’enraye. C’est notamment ce qu’il se passe dans la dégénérescence maculaire ou l’athérosclérose.

Les mutations génétiques

Aubrey de Grey distingue deux types de mutations suivant la cible touchée, les mutations nucléaires (Szilard, 1959 et Cutler, 1982) et les mutations mitochondriales (Harman, 1972). Une mutation génétique, c’est lorsque notre information, stockée sous forme d’ADN, est transformée par des mécanismes variés. Les mutations nucléaires, c’est à dire celles touchant l’ADN présent dans notre noyau et codant pour la quasi-totalité des protéines de notre corps, sont celles que nous connaissons le mieux, car elles sont communes à de nombreuses pathologies (cancer, diabète…). Les mutations sont généralement héréditaires, mais il existe également des mutations dites de novo : lorsque les cellules se divisent, elles doivent copier la totalité de leur ADN pour le transmettre à leurs cellules filles, et lors de ce mécanisme, des erreurs peuvent apparaître. Le plus souvent, les cellules porteuses de mutations graves vont se suicider grâce à une mort cellulaire programmée (l’apoptose) mais il arrive qu’elles échappent à ce mécanisme et survivent, se divisant à leur tour et donnant des cellules filles porteuses de la mutation.

aubrey de grey

Parallèlement, des mutations peuvent apparaître dans l’ADN mitochondrial. La mitochondrie est un organite cellulaire un peu spécial : elle nous fournit en énergie (les fameux ATP et NAD), permet la respiration cellulaire (et la synthèse des malheureux oxydants) et est impliquée dans des mécanismes centraux, tels que la mort ou la croissance cellulaire. Elle est issue d’une fusion ancestrale (environ 2 milliards d’années) entre nos cellules et une bactérie. Son utilité était telle que, lors de l’évolution, les cellules humaines l’ont totalement intégrée et, du fait de son origine, elle dispose d’un ADN à elle, indépendant de l’ADN nucléaire, qui code pour 13 protéines nécessaires à son fonctionnement : c’est le génome mitochondrial. Les mutations touchant cet ADN sont majoritairement connues pour les maladies mitochondriales, des pathologies multi-facettes, mais, par le même processus que pour l’ADN nucléaire, des mutations peuvent apparaître de novo.

La gestion de notre stock de cellules

Plusieurs types de cellules peuplent notre organisme: les cellules à vie courte, qui se renouvellent souvent, les cellules à longue vie, qui ne se renouvellent pas ou peu, les cellules souches, virtuellement immortelles, et les cellules sénescentes, des « zombies » qui correspondent à des cellules en fin de vie, incapables de se diviser mais ne mourant pas non plus et dont les fonctions se dégradent. Au cours de notre vie, le stock de cellules souches diminue et le nombre de cellules sénescentes augmente. Aubrey de Grey postule que ce déséquilibre est l’une des origines du vieillissement. Cette théorie est issue des travaux de Brody (1955) et de Hayflick (1972), deux chercheurs dont les travaux n’ont pas été remis en cause jusqu’à présent.

Les interconnexions protéiques

Pour que nos cellules communiquent et forment des tissus cohésifs, il est nécessaire qu’elles aient des interactions entre elles. Cette cohésion est réalisée par des protéines spécifiques dont le nombre et/ou le nombre de liaisons qu’elles effectuent a tendance à augmenter avec l’âge (Monnier & Cerami, 1981). Aubrey de Grey explique que cette multiplication de liens inter-cellulaires, loin d’être bénéfique, peut causer une perte d’élasticité des tissus et entraîner l’apparition de maladies, comme l’artériosclérose.

L’avenir des traitements et la notion de « longevity escape velocity » selon Aubrey de Grey

L’approche de Aubrey de Grey est la suivante : nous avons identifié les sept mécanismes sous-jacents du vieillissement et nous seront bientôt en capacité d’intervenir au moment des dommages cellulaires. A défaut d’une prévention, nous serons capable de traiter, au fur et à mesure de son apparition, le vieillissement de nos cellules.

C’est là qu’interviennent deux notions : « robust human rejuvenation » (littéralement « le solide rajeunissement humain ») et « longevity escape velocity » (littéralement « la vitesse d’échappement pour la longévité »). La robust human rejuvenation consiste en une découverte majeure, permettant par exemple d’ajouter 30 ans de vie à une personne ayant actuellement 55 ans. Ce sera le moment « eureka » de la recherche contre le vieillissement. A partir de cette date, de nouveaux traitements et raffinements de la découverte initiale vont permettre d’ajouter régulièrement des années de vie en plus des 30 ans initiaux prévus. C’est ce que Aubrey de Grey appelle la longevity escape velocity et qui entraîne un constat simple : le premier homme à vivre 1000 ans aura environ 20 ans de moins que le premier homme à vivre 150 ans, du fait de l’implémentation exponentielle des traitements. Il fait ce postulat basé sur les évolutions scientifiques dans d’autres domaines et donne régulièrement l’exemple de l’aviation : en 1903, le premier avion est construit (c’est la découverte fondamentale), en 1927, le premier vol en solitaire et sans escale au-dessus de l’Atlantique a lieu, en 1949, le premier avion à réaction est lancé et en 1969, les premiers vols supersoniques débutent. C’est ce que Aubrey de Grey définit comme une amélioration croissante et exponentielle des technologies : à partir de la découverte majeure, l’évolution technologique est rapide et permettra, à son avis, d’ajouter régulièrement des années de vie.

Qu’en est-il des pistes de traitements ?

A chaque problématique sa solution. Aubrey de Grey est centré sur les approches régénératives de la médecine anti-vieillissement, c’est-à-dire les technologies permettant la restauration à la normale de la structure et/ou de la fonction d’un tissu après avoir subi des dommages.

Problématiques

Thérapies potentielles

Déchets intracellulaires

Hydrolases microbiennes transgéniques: des enzymes capables de détruire ces déchets, qui ne sont pas présentes dans notre organisme

Déchets intercellulaires

Stimulation de la phagocytose par notre système immunitaire: les macrophages notamment, dont le rôle est de manger les déchets

Mutations nucléaires

KO de la télomérase et augmentation du nombre de cellules souches: le but est de diminuer le nombre de divisions cellulaires afin de diminuer le risque de mutations, tout en maintenant un niveau de renouvellement normal avec les cellules souches

Mutations mitochondriales

Expression allotropique des 13 protéines codées par l'ADNmt grâce à l'intégration de cette séquence d'ADN dans l'ADN nucléaire

Perte des cellules souches

Thérapie cellulaire grâce à des facteurs de croissances et à un ajout de cellules souches

Augmentation des cellules sénéscentes

Ablation des cellules sénescentes par ciblage, majoritairement en boostant les gènes de "suicide"

Augmentation des liens protéiques intercellulaires

Enzymes permettant la rupture de ces liens

Certaines de ces thérapies sont déjà bien avancées et pourrait déboucher sur des tests cliniques sous peu. Des découvertes importantes ont également eu lieu ces dernières années, notamment les cellules iPS (des cellules souches que nous pouvons contrôler) et les outils d’édition génétique (voir dossier CRISPR-cas9). Cependant, comme Aubrey de Grey le dit régulièrement, nous ne savons pas quand arrivera la découverte qui changera tout et qui permettra d’allonger notre vie en bonne santé rapidement !

Dr. Marion Tible

Marion Tible Long Long Life

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Marion Tible has a PhD in cellular biology and physiopathology. Formerly a researcher in thematics varying from cardiology to neurodegenerative diseases, she is now part of Long Long Life team and is involved in scientific writing and anti-aging research.

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Marion Tible est docteur en biologie cellulaire et physiopathologie. Ancienne chercheuse dans des thématiques oscillant de la cardiologie aux maladies neurodégénératives, elle est aujourd’hui impliquée au sein de Long Long Life pour la rédaction scientifique et la recherche contre le vieillissement.

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Dr Guilhem Velvé Casquillas

guilhem velvé casquillas long long life profile longevity anti aging transhumanism

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Physics PhD, CEO NBIC Valley, CEO Long Long Life, CEO Elvesys Microfluidic Innovation Center

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Remodelin : la chasse au vieillissement est ouverte

Long Long Life remodelin

Remodelin : la chasse au vieillissement est ouverte

La progéria, aussi nommée syndrome de Hutchinson-Gilford (HGPS), est une maladie génétique entraînant un phénotype prématuré de vieillissement. Elle fait partie d’un groupe de pathologies appelé les laminopathies, causées par une mutation du gène LMNA qui encode pour les lamines A, des protéines qui soutiennent la structure du noyau cellulaire. Cette mutation induit une forme toxique de lamine A, la progérine, qui s’accumule dans la cellule et qui, à terme, cause la sénescence cellulaire.

La progéria est la forme la plus sévère des laminopathies. Cette pathologie extrêmement rare (1 personne sur 4 à 8 millions) se révèle dans la première ou deuxième année de vie et l’espérance de vie des personnes qui en sont atteintes est très faible : 13 ans en moyenne. Il n’existe aujourd’hui aucun traitement curatif contre la maladie, seulement quelques médicaments aidant à lutter contre les symptômes de la maladie en réduisant les niveaux de progérine des cellules ou en ciblant les enzymes intervenants dans sa synthèse.

Une étude in vivo de la remodelin

Dans un article paru récemment dans Nature Communications [1], des chercheurs ont réussi à démontrer l’efficacité in vivo d’une nouvelle molécule, la remodelin [2], pour allonger la durée de vie de souris modèles de progéria. Pour leurs expériences in vivo, les chercheurs ont utilisé des souris modèles porteuses du gène muté LMNA, exprimant ainsi un phénotype de progéria. La remodelin est une molécule qui inhibe l’enzyme NAT10, ce qui entraîne l’augmentation de la durée de vie des souris HGPS. Ils ont notamment observé des améliorations au niveau du système cardiovasculaire, avec une réduction de la fibrose de l’aorte, de la perte des cellules du muscle vasculaire lisse, ainsi que de l’actine de l’aorte et des artères coronaires. Cela marque un progrès notable pour lutter contre le risque de mortalité lié à la maladie, puisque les anomalies cardiovasculaires en sont les principales causes de décès. De plus, la remodelin retarde la perte de poids des souris malades, un autre symptôme lié à la pathologie.

Long Long Life remodelin

Les résultats obtenus in vivo de cette molécule sont encourageants et révèlent qu’inhiber l’enzyme NAT10 pourrait avoir un rôle majeur dans l’amélioration des symptômes et de la durée de vie des personnes atteintes de progéria. Néanmoins, le faible nombre de patient ainsi que les diversités phénotypiques, de même que les faibles connaissances des fonctions de NAT10 incitent à rester vigilant quant à son application clinique. Les modèles animaux de progéria sont largement utilisés en recherche anti-vieillissement, car ils permettent de comprendre les mécanismes moléculaires qui sont impliqués dans ce processus. Faire avancer la recherche contre la progéria c’est aussi faire avancer la recherche contre le vieillissement.

Références

[1] Gabriel Balmus, Delphine Larrieu, Ana C. Barros, Casey Collins, Monica Abrudan, Mukerrem Demir, Nicola J. Geisler, Christopher J. Lelliott, Jacqueline K. White, Natasha A. Karp, James Atkinson , Andrea Kirton, Matt Jacobsen, Dean Clift, Raphael Rodriguez, Sanger Mouse Genetics Project, David J. Adams & Stephen P. Jackson. Targeting of NAT10 enhances healthspan in a mouse model of human accelerated aging syndrome, Nature Communications (2018) 9:1700.

[2] Delphine Larrieu, Sébastien Britton, Mukerrem Demir, Raphaël Rodriguez and Stephen P. Jackson. Chemical inhibition of NAT10 corrects defects of laminopathic cells, Science. 2014 May 2; 344(6183): 527–532. doi:10.1126/science.1252651.

Anne Fischer

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Anne is studying medicine science at the Institute of Pharmaceutical and Biological Science in Lyon and she has graduated with a Bachelor’s degree in molecular and cellular biology at the University of Strasbourg.

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Anne étudie les sciences du médicament à l’Institut des Sciences Pharmaceutiques et Biologiques de Lyon. Elle est titulaire d’une licence en biologie moléculaire et cellulaire de l’Université de Strasbourg.

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Transhumanisme et vieillissement : Lettre Fight Aging! 30 avril 2018

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Fight Aging! Extraits

Parce que tout le monde ne comprend pas forcément la langue de Shakespeare, Long Long Life vous fournit une traduction automatique post-éditée des éléments les plus importants de la newsletter Fight Aging! 

Fight Aging! fournit un résumé hebdomadaire des actualités et des commentaires pour des milliers d’abonnés intéressés par la science de la longévité: progrès en matière de contrôle médical du vieillissement afin de prévenir la vulnérabilité, la souffrance et les maladies liées à l’âge, ainsi que pour fournir des améliorations dans la compréhension actuelle de ce qui fonctionne et ce qui ne fonctionne pas lorsqu’il s’agit de prolonger une vie saine. Attendez-vous à voir des résumés des récents progrès de la recherche médicale, des nouvelles de la communauté scientifique, des initiatives de collecte de fonds pour accélérer le travail sur la réparation et l’inversion du vieillissement, des liens vers des ressources en ligne, et bien plus encore.

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Extraits de Fight Aging! :

  • Un ensemble de sénolytiques marginaux et présumés ne présentent aucun avantage significatif dans une étude sur les cellules
  • Comportement des cellules gliales critique pour une régénération efficace du système nerveux central
  • Vers une meilleure horloge épigénétique
  • L’exercice augmente la fréquence à laquelle les nouvelles cellules cardiaques sont produites
  • Le déclin du système immunitaire détermine-t-il la contribution des cellules sénescentes au vieillissement ?

Un ensemble de sénolytiques marginaux et présumés ne présentent aucun avantage significatif dans une étude sur les cellules

Les composés sénolytiques sont ceux qui détruisent sélectivement les cellules sénescentes. Comme l’accumulation de cellules sénescentes est l’une des causes profondes du vieillissement et que les cellules sénescentes contribuent directement à de nombreuses maladies spécifiques liées à l’âge, il existe un certain intérêt pour le développement de sénolytiques efficaces. Comme c’est le cas pour tout domaine du développement médical, il y a autant de médicaments sénolytiques marginaux et possibles qu’il y a de médicaments sénolytiques utiles et éprouvés. L’ampleur de l’effet, la nature des effets secondaires et la qualité de la preuve sont très importants – en fait, il s’agit de l’ensemble du débat sur la viabilité ou non d’un composé particulier.

Les chercheurs rapportent ici quelques sénolytiques marginaux et les possibles, comparés à la navitoclax, et n’ont observé aucun effet utile dans une étude cellulaire. Il s’agit d’un travail de confirmation utile, même si l’on peut s’attendre à des résultats basés sur des preuves passées, en particulier pour la quercétine. Cela dit, il est important de noter que différents types de cellules sénescentes ont montré des degrés très différents de vulnérabilité à diverses classes de sénolytiques. Ce n’est pas aussi simple que l’échec dans un type de cellule disqualifiant complètement un sénolytique potentiel, mais plutôt une considération de la balance des preuves provenant d’études multiples.

Les médicaments sénolytiques ont la perspective de cibler spécifiquement les cellules sénescentes et donc de rajeunir les tissus ou les organismes. Plusieurs composés ont été suggérés pour posséder des effets sénolytiques, y compris la navitoclax (ABT-263), la quercétine, le danazol et le riboside de nicotinamide. ABT-263 inhibe les membres de la famille des protéines BCL-2, qui sont des régulateurs cruciaux de la voie de l’apoptose. Il a été démontré que l’ABT-263 épuise les cellules sénescentes des cellules épithéliales des veines ombilicales humaines (HUVECs), des fibroblastes pulmonaires humains IMR90 et des fibroblastes embryonnaires murins, mais pas les pré-adipocytes primaires humains. Le danazol est un androgène synthétique à capacité d’élongation télomérique, qui a été utilisé pour cibler l’attrition accélérée des télomères – une caractéristique du vieillissement et de la sénescence. La quercétine est un activateur de protéasome aux propriétés anti-oxydantes qui déclenche l’apoptose par la voie BCL-2. Le riboside de nicotinamide augmente les niveaux de nicotinamide adénine dinucléotide (NAD+). Des souris âgées supplémentées en riboside de nicotinamide ont révélé une augmentation de la durée de vie et des cellules souches musculaires rajeunies.

Les cellules primaires subissent un nombre limité de divisions avant d’entrer dans l’état de sénescence réplicative. Le processus de sénescence induit des changements dans la morphologie, le métabolisme, le phénotype sécrétoire et le potentiel de différenciation des cellules, ce qui a un impact significatif sur les résultats expérimentaux et affecte leur potentiel thérapeutique. Cela s’applique particulièrement aux cellules stromales mésenchymateuses (CSM), qui suscitent de grands espoirs dans le génie tissulaire et sont simultanément testées dans une multitude d’essais cliniques. Les CSM comprennent un sous-ensemble multipotent de cellules, capable de se différencier vers des lignées ostéogéniques, chondrogéniques et adipogènes. L’élimination sélective des MSC sénescentes des cultures pourrait améliorer la standardisation et l’efficacité des préparations cellulaires pour la thérapeutique cellulaire en médecine régénérative. Nous avons donc directement comparé la capacité sénolytique de l’ABT-263, de la quercétine, du danazol et du riboside de nicotinamide dans les CSM humaines au cours d’une culture à long terme.

Les effets de ces composés ont été analysés lors de l’expansion à long terme des CSM, jusqu’à la sénescence réplicative. De plus, nous avons déterminé l’effet sur les marqueurs moléculaires de la sénescence réplicative, comme la coloration de la bêta-galactosidase associée à la sénescence (SA-β-gal), l’attrition du télomère et les changements de méthylation de l’ADN associé à la sénescence. Les expériences ont révélé que l’ABT-263 avait un effet sénolytique significatif mais modéré. Ceci était conforme à la réduction de la coloration SA-β-gal dans les CSM sénescentes lors d’un traitement par ABT-263. Cependant, aucun des médicaments n’a eu d’effets significatifs sur le nombre maximum de doublons de population, la longueur des télomères ou les prédictions de sénescence épigénétique. Des quatre médicaments testés, seul l’ABT-263 a révélé un effet sénolytique chez les CSM humaines – et même le traitement avec ce composé n’a pas rajeuni les CSM en ce qui concerne la longueur du télomère ou la signature épigénétique de la sénescence. Il sera important d’identifier des médicaments sénolytiques plus puissants pour répondre aux grands espoirs de la médecine régénérative.

Comportement des cellules gliales critique pour une régénération efficace du système nerveux central

Pourquoi des espèces comme la salamandre peuvent-elles faire repousser des organes et des membres alors que les mammifères ne le peuvent pas ? Cette compétence s’étend même à des parties du système nerveux central, comme la moelle épinière. Au cours des dernières années, les chercheurs ont fait de grands progrès dans la compréhension de la régénération exceptionnelle et ont découvert que, par exemple, les différences dans le comportement des cellules immunitaires appelées macrophages sont essentielles à la repousse. Dans le système nerveux central, les cellules gliales sont quelque peu analogues aux macrophages dans d’autres tissus, et dans la recherche mentionnée ici, les scientifiques rapportent des preuves d’une importance équivalente dans les capacités régénératives des mammifères par rapport à celles des salamandres.

Étant donné la connexion entre les macrophages et les cellules gliales, ce domaine de la biologie comparative est en train de passer de spéculatif à pertinent pour le développement clinique. De nombreux groupes de recherche étudient l’altération du comportement des macrophages et des cellules gliales afin de stimuler une plus grande régénération chez les mammifères. Ces cellules peuvent être classées selon leur comportement, soit agressif et inflammatoire tout en recherchant des pathogènes, soit plus axé sur l’aide à la régénération. Les deux comportements sont nécessaires, mais chez les mammifères, et chez les personnes âgées, il y a trop du premier type et trop peu du second type de comportement. En apprenant à ajuster le comportement des cellules pour changer ce déséquilibre, on peut jeter les bases d’améliorations plus profondes de la régénération dans les années à venir, en s’appuyant sur ce que l’on apprend des salamandres.

L’un des problèmes les plus troublants des lésions de la moelle épinière est que le corps humain ne reconstruit pas les nerfs une fois qu’ils ont été endommagés. D’autres animaux, par contre, semblent n’avoir aucun problème à réparer les neurones brisés. Les chercheurs ont étudié un amphibien connu sous le nom d’axolotl ou salamandre mexicaine. Les axolotls élevés en captivité sont fréquemment utilisés dans la recherche biologique, à la fois pour apprendre de la remarquable capacité de l’animal à régénérer des parties du corps et pour aider à éclairer les efforts de conservation.

Lorsqu’un axolotl souffre d’une lésion de la moelle épinière, les cellules gliales voisines passent à la vitesse supérieure, prolifèrent rapidement et se repositionnent pour reconstruire les connexions entre les nerfs et reconnecter la moelle épinière blessée. Par contre, lorsqu’un humain souffre d’une lésion de la moelle épinière, les cellules gliales forment un tissu cicatriciel qui empêche les nerfs de se reconnecter entre eux.

Les chercheurs ont retracé les mécanismes moléculaires à l’œuvre dans chaque cas. Ils ont découvert qu’une protéine particulière appelée c-Fos, qui affecte l’expression génétique, est essentielle aux processus que les axolotls utilisent pour réparer les nerfs blessés. Alors que les humains ont également c-Fos, chez les humains, la protéine fonctionne de concert avec d’autres protéines, dans la famille JUN, qui provoquent une gliose réactive des cellules, ce qui conduit à la formation de cicatrices. Dans les axolotls, ce circuit moléculaire est soigneusement régulé pour diriger les cellules gliales axolotl vers une réponse régénératrice.

« Notre approche nous permet d’identifier non seulement les mécanismes nécessaires à la régénération des salamandres, mais aussi ce qui se passe différemment chez l’homme dans les reprises de blessures. En plus de la régénération de la moelle épinière, notre travail se concentre également sur d’autres formes de régénération, y compris la cicatrisation sans cicatrices et la régénération des membres ».

Vers une meilleure horloge épigénétique

Les chercheurs rapportent ici une version améliorée de l’horloge épigénétique. Quelques modèles soigneusement définis de méthylation de l’ADN, y compris l’horloge épigénétique originale, sont en corrélation assez étroite avec l’âge. La mise en œuvre commerciale actuelle de l’horloge épigénétique, MyDNAge, a une marge d’erreur d’environ deux ans. Bien que le consensus soit que l’horloge reflète l’âge biologique, il n’en demeure pas moins que l’on peut se demander ce que l’on mesure exactement. La réponse à cette question reste à établir. Il est plausible que les changements de méthylation de l’ADN avec l’âge sont une réaction à toutes les formes de dommages cellulaires et tissulaires qui entraînent le vieillissement, mais cela n’est nullement certain – cela pourrait être plus spécifique que cela, lié seulement à certaines des causes du vieillissement.

L’un des principaux objectifs de la recherche géroscientifique est de définir les  » biomarqueurs du vieillissement « , que l’on peut considérer comme des mesures individuelles du vieillissement qui saisissent les différences interindividuelles dans le moment de l’apparition de la maladie, le déclin fonctionnel et la mort au cours de la vie. Bien que l’âge chronologique soit sans doute le facteur de risque le plus important pour les décès et les maladies liés au vieillissement, il est important de distinguer le temps chronologique du vieillissement biologique. Les individus d’un même âge chronologique peuvent présenter des susceptibilités très différentes aux maladies liées à l’âge et à la mort, ce qui reflète probablement des différences dans leurs processus sous-jacents de vieillissement biologique. De tels biomarqueurs du vieillissement seront cruciaux pour permettre l’évaluation des interventions visant à promouvoir un vieillissement plus sain, en fournissant un résultat mesurable qui, contrairement à l’incidence des décès et/ou des maladies, n’exige pas d’observation de suivi extrêmement longue.

La méthylation de l’ADN (DNAm) est un biomarqueur potentiel qui a suscité beaucoup d’intérêt au cours des dernières années. Il a été démontré que le temps chronologique provoque des changements prévisibles d’hypo- et d’hyperméthylation dans de nombreuses régions du génome et, par conséquent, la première génération de biomarqueurs du vieillissement basés sur l’ADNm a été mise au point pour prédire l’âge chronologique. L’algorithme basé sur le sang de Hannum et l’algorithme multi-tissus de Horvath produisent des estimations d’âge (âge ADNm) qui correspondent à l’âge chronologique pour les échantillons de toute la gamme d’âge. Néanmoins, bien que les estimateurs actuels de l’âge épigénétique présentent des associations statistiquement significatives avec de nombreuses maladies et affections liées à l’âge, l’ampleur de l’effet est généralement faible à modérée. Une explication est que l’utilisation de l’âge chronologique comme référence, par définition, peut exclure les sites CpG dont les schémas de méthylation ne présentent pas de fortes variations en fonction du temps, mais signalent plutôt le départ de l’âge biologique de l’âge chronologique. Il est donc important de saisir non seulement les sites CpG qui affichent des changements avec le temps chronologique, mais aussi ceux qui tiennent compte des différences de risque et d’état physiologique entre les individus d’un même âge chronologique.

Des travaux antérieurs par nous et d’autres ont montré que les  » mesures du vieillissement phénotypique « , dérivées de biomarqueurs cliniques, prédisent fortement les différences dans le risque de mortalité toutes causes confondues, la mortalité par cause spécifique, le fonctionnement physique, les mesures de performance cognitive et le vieillissement facial chez les personnes du même âge. Qui plus est, dans les données représentatives de la population, certaines de ces mesures se sont révélées être de meilleurs indicateurs de l’espérance de vie restante que l’âge chronologique, ce qui donne à penser qu’elles peuvent être une approximation des différences individuelles dans les taux de vieillissement biologique. Par conséquent, nous émettons l’hypothèse qu’un biomarqueur épigénétique plus puissant du vieillissement pourrait être développé en remplaçant la prédiction de l’âge chronologique par la prédiction d’une mesure de substitution de l' »âge phénotypique » qui, en soi, différencie le risque de morbidité et de mortalité chez les personnes du même âge.

En utilisant une nouvelle méthode en deux étapes, nous avons réussi à développer un biomarqueur du vieillissement basé sur l’ADNm qui est hautement prédictif de presque tous les résultats de morbidité et de mortalité que nous avons testés. La formation d’un prédicteur épigénétique de l’âge phénotypique au lieu de l’âge chronologique a permis d’améliorer considérablement les prévisions de mortalité et d’espérance de vie par rapport à la première génération de biomarqueurs d’âge chronologique basés sur l’ADNm. Il s’agit de la première étude à démontrer de façon concluante que les biomarqueurs du vieillissement de l’ADNm sont hautement prédictifs des maladies cardiovasculaires et coronariennes. La nouvelle mesure, DNAm PhenoAge, suit également l’âge chronologique et se rapporte au risque de maladie dans les échantillons autres que le sang total. Enfin, nous constatons que le PhénoAge ADNm d’un individu, par rapport à son âge chronologique, est modérément héréditaire et est associé à l’activation de la pro-inflammatoire, l’interféron, la réparation des dommages à l’ADN, la signalisation transcriptionnelle/translationnelle, et divers marqueurs de l’immunosénescence : un déclin des cellules T naïves et une longueur de télomère leucocytaire raccourcie.

L’exercice augmente la fréquence à laquelle les nouvelles cellules cardiaques sont produites

Pour faire suite à l’ensemble des recherches sur l’exercice d’hier, voici une note intéressante sur les effets de l’exercice sur la base de l’entretien des tissus cardiaques. Le cœur est l’un des organes les moins régénératifs chez les mammifères, incapable de se réparer à un degré significatif à la suite d’une blessure. Néanmoins, à l’intérieur de ces limites limitées, l’exercice peut faire une différence considérable. Cela est corroboré par les données probantes montrant que les patients atteints d’une maladie cardiaque ont un meilleur pronostic lorsqu’ils maintiennent un programme d’exercice, même dans une moindre mesure qu’ils sont capables de le maintenir.

Dans une nouvelle étude réalisée chez la souris, les chercheurs ont découvert une explication pour expliquer pourquoi l’exercice pourrait être bénéfique : il stimule le cœur, pour produire de nouvelles cellules musculaires, à la fois dans des conditions normales et après une crise cardiaque. Le cœur humain a une capacité relativement faible à se régénérer. Les jeunes adultes peuvent renouveler environ 1 % de leurs cellules musculaires cardiaques chaque année, et ce taux diminue avec l’âge. La perte de ces cellules est liée à l’insuffisance cardiaque, de sorte que les interventions qui augmentent la formation de cellules ont le potentiel d’aider à la prévenir.

« Nous voulions savoir s’il existe un moyen naturel d’améliorer la capacité de régénération des cellules du muscle cardiaque. Nous avons donc décidé de tester la seule intervention que nous savons déjà sûre et peu coûteuse : l’exercice. » Pour tester ses effets, les chercheurs ont donné à un groupe de souris en bonne santé l’accès volontaire à un tapis roulant. Laissées seules, les souris couraient environ 5 kilomètres par jour. L’autre groupe en bonne santé n’avait pas les privilèges d’un tel gymnase et restait sédentaire.

Pour mesurer la régénération cardiaque dans les groupes de souris, les chercheurs ont administré un produit chimique marqué qui a été incorporé dans de l’ADN nouvellement fabriqué alors que les cellules se préparaient à se diviser. En suivant l’ADN marqué dans le muscle cardiaque, les chercheurs pouvaient voir où les cellules étaient produites. Ils ont découvert que les souris qui faisaient de l’exercice fabriquaient plus de 4,5 fois le nombre de nouvelles cellules du muscle cardiaque, tout comme les souris sans tapis roulant. Après avoir subi une crise cardiaque, les souris ayant accès à un tapis roulant couraient encore 5 kilomètres par jour, volontairement. Par rapport à leurs homologues sédentaires, les souris en exercice ont montré une augmentation de la surface du tissu cardiaque où de nouvelles cellules musculaires sont fabriquées. Les chercheurs ont maintenant l’intention de déterminer quels mécanismes biologiques lient l’exercice à une activité régénératrice accrue dans le cœur.

Le déclin du système immunitaire détermine-t-il la contribution des cellules sénescentes au vieillissement ?

La rumeur d’auto-expérimentation veut que les produits pharmaceutiques sénolytiques actuellement disponibles, les produits chimiothérapeutiques réorientés qui peuvent détruire sélectivement une fraction des cellules sénescentes, peuvent montrer des résultats pour des conditions inflammatoires chez les personnes âgées. De même, ils ne semblent pas produire d’avantages évidents chez les personnes de 40 ans et plus en bonne santé. Si les cellules sénescentes sont effectivement une source d’inflammation chronique, il ne faut jamais agir selon des rumeurs : il faut patienter jusqu’à ce que les données des études cliniques actuelles ou à venir soient publiées et validées. Nous pouvons certainement débattre et émettre des hypothèses, cependant, lorsque des anecdotes chevauchent des données existantes sur les animaux et des preuves à l’appui provenant d’autres axes de recherche.

Mon raisonnement est le suivant : le système immunitaire est responsable de la destruction des cellules cancéreuses et des cellules sénescentes qui ne parviennent pas à s’autodétruire. Les cellules immunitaires sont très efficaces lorsqu’il s’agit de cette tâche et, par conséquent, le risque posé par ces deux classes de cellules nocives demeure faible pendant une grande partie de la vie. C’est le cas jusqu’à ce que la fonction immunitaire ait diminué de façon significative avec l’âge ; on peut regarder les modèles qui mettent en corrélation le risque de cancer avec l’atrophie du thymus, et donc la réduction de la génération des cellules T, par exemple. Il s’adapte bien. Le pic du risque de cancer se situe entre 60 et 80 ans, ce qui est aussi, plus ou moins, là où l’on commence à voir l’incidence des affections inflammatoires liées à l’âge liées à la sénescence cellulaire augmenter considérablement.

Personne n’a encore mené les études nécessaires pour dresser un tableau décent de la charge cellulaire sénescente selon l’âge. Je parie que lorsque cela sera fait, les chiffres refléteront de près le risque de cancer et la perte de la fonction immunitaire. Certains chercheurs réfléchissent en ce sens depuis un certain temps déjà, et j’ai remarqué ce commentaire au milieu d’une récente entrevue menée par les bénévoles de la Life Extension Advocacy Foundation :

La recherche suggère que l' »inflammation » joue un rôle clé dans le vieillissement ; de nombreuses publications suggèrent également que parmi les diverses sources de cette inflammation chronique liée à l’âge, l’accumulation de cellules sénescentes et le phénotype sécrétoire associé à la sénescence qu’elle produit est le principal coupable. Que peut-on s’attendre à voir si des thérapies visant à éliminer ces cellules problématiques sont utilisées chez les gens ?

J’ai un point de vue différent de celui de la majorité. J’étais l’un des grands fans des cellules sénescentes, et j’étais inspiré à 100% par l’idée de les trouver, de les éradiquer et de les utiliser pour le rajeunissement. Cependant, après avoir passé plusieurs années très concentrées sur une étude approfondie des cellules sénescentes in vivo, nous nous sommes rendu compte que pour une grande partie de la durée de vie de la souris, nous ne pouvons tout simplement pas trouver ces cellules. Ce n’est pas parce que celles-ci n’existent pas ; je pense qu’elles apparaissent assez fréquemment au cours de notre vie et de celle des souris, mais elles sont très efficacement éradiquées par le système immunitaire.

Que les changements dans l’inflammation in vivo avec l’âge soient dus à l’activité des cellules sénescentes est une grande question, car lorsque nous avons essayé de trouver ces cellules dans, par exemple, un organisme irradié, la plupart des cellules que les gens pensaient être sénescentes avant l’existence des biomarqueurs conventionnels semblaient n’être que des parties du système immunitaire, qui dysfonctionne avec le vieillissement et a créé l’apparence des cellules sénescentes. Les macrophages deviennent souvent positifs pour les biomarqueurs des cellules sénescentes, et les personnes qui utilisent ces biomarqueurs sans regarder attentivement les appellent sénescentes. Vous pourriez dire que cela n’a pas d’importance parce que tout le concept n’a pas beaucoup changé ; qui se soucie du nom que vous donnez à ces cellules ? Si certaines cellules avec certaines propriétés s’accumulent avec la vie et si elles sécrètent quelque chose de mauvais, le concept est toujours intact, et je suis d’accord avec cela.

Cependant, connaissant la nature de ces cellules, nous pouvons choisir la bonne arme contre elles, et tant que nous essayons de tuer les cellules que nous pouvons rendre sénescentes en culture et penser que nous tuons les mêmes cellules in vivo, je pense que nous sommes sur la mauvaise voie. C’est mon premier problème ; mon deuxième problème est que l’accumulation de cellules sénescentes signifie un mauvais fonctionnement du système immunitaire parce que le système immunitaire normal s’en débarrasse très efficacement. Si vous tuez une cellule qui ne peut pas être éliminée par le système immunitaire, vous ne vous débarrassez pas de ces déchets potentiels ; vous les transformez en un autre type de déchets. Parce que pour éradiquer une cellule sénescente, quelque chose a besoin de la trouver et de la manger, de l’avaler, comme un macrophage.

Si cette fonction ne fonctionne pas très bien et que vous aidez simplement le système immunitaire en tuant ces cellules, elles restent à l’endroit où elles se trouvaient ; elles sont simplement mortes. Peut-être que c’est bon ou pas ; peut-être que cela aidera en effet une autre branche du système immunitaire à se nettoyer. Je pense, en général, que ce n’est pas évident ; tout d’abord, il n’est pas évident pour moi que les cellules sénescentes sont uniques en créant l' »odeur » de déchets qui mène à l’inflammation ou si c’est seulement l’un des nombreux types de cellules qui s’endommagent et s’accumulent avec l’âge. Je ne suis pas sûr que le fait de les tuer physiquement aide vraiment à améliorer la situation, car vous créez une vague de restes dont il faut aussi prendre soin.

Personnellement, j’ai choisi une approche pour investir dans le système immunitaire et réparer sa fonction afin qu’il puisse mieux faire son travail, au lieu de penser que nous pouvons le remplacer. Jusqu’à présent, en médecine, la substitution de la fonction perdue n’a bien fonctionné qu’en orthopédie, mais pas dans d’autres domaines. Par conséquent, je pense que nous devons soit investir dans un mécanisme qui bloque l’apparition des cellules sénescentes, soit investir dans le mécanisme d’éradication naturelle pour améliorer le fonctionnement du système immunitaire. Par exemple, si la partie du système immunitaire qui est responsable de l’élimination des cellules sénescentes est épuisée, vous pouvez toujours essayer de rediriger l’immunité adaptative contre elles par la vaccination ; je verrais cela comme une chose plus attrayante.

Partie 2 : Le vieillissement vu par la transcriptomique, une science en constante évolution

On parle de transcriptomique lorsqu’on étudie les ARN, c’est à dire l’étape intermédiaire entre l’ADN et les protéines. Cependant, il existe aussi des ARN non codants, qui ne donnent pas de protéines, et dont les rôles sont toujours en cours d’étude. La totalité des ARN forme ce qu’on appelle le transcriptome. La transcriptomique est un champ très large qui va permettre l’analyse des mécanismes de transcription, de la régulation de ces phénomènes et des interactions entre ARN, protéines et autres facteurs.

Comment étudie-t-on le transcriptome ?

Tout comme l’étude de l’ADN, l’analyse des ARN regroupe des techniques de séquençage. On retrouve notamment les techniques de séquençage précédé d’une retro-transcription (afin de lire la séquence ADN), aussi appelée RNA-Seq [1] et les techniques de microarray [2] (comme les puces à ADN mais pour l’ARN). Ces techniques sont très similaires à celles utilisées pour l’ADN (voir dossier génomique) et donnent, au delà d’une information de séquence utile pour dépister des mutations ou des erreurs de transcription, une information quantitative, permettant de déterminer à quel niveau un ARN est exprimé. On parlera alors de taux d’expression d’un ARN donné : lorsque ce taux est élevé, l’ADN va transcrire plusieurs copies d’ARN, permettant une expression importante de protéines. A l’inverse, lorsque ce taux est bas, l’ADN va être peu ou pas transcrit, donnant lieu à peu de protéines par la suite. Ces taux d’expression peuvent varier avec le temps et/ou les pathologies. Plusieurs sites répertorient les analyses transcriptomiques dans le but de réunir tous les transcriptomes en fonction des organes, des pathologies, de l’âge, d’un traitement ou encore de l’exposition à des facteurs externes; vous pouvez allez visiter ce site (en anglais) ou ce site (en anglais) par exemple.

La PCR quantitative comme outil de transcriptomique

La PCR quantitative, ou PCR en temps réel, est une technique relativement dédiée à l’étude du transcriptome. Bien que plus fastidieuse que les approches RNAseq ou les microarrays, elle reste l’approche de choix pour l’étude de l’ARN du fait de son faible coût [3].

PCR veut dire « polymerase chain reaction » ou réaction en chaîne par polymérase. Ce nom barbare signifie simplement que la technique est basée sur l’action d’une enzyme spécifique, la polymérase, qui va permettre la synthèse d’un brin complémentaire d’ADN.

Étant donné que ce qui nous intéresse, c’est l’ARN, il va falloir rétro-transcrire l’ARN en ADN. Après cette rétro-transcription, on obtient un ADN sans régions non codantes, correspondant au gène. Une fois cet ADN obtenu, la PCR permet de suivre la synthèse de son brin complémentaire grâce à des marqueurs (généralement des fluorochromes). Plus il y a d’ARN à la base, plus il y aura d’ADN rétro-transcrit et plus le nombre de brins complémentaires va augmenter rapidement, donnant ainsi une information quantitative sur l’ARN d’intérêt. En général, on réalise 40 cycles dits « d’amplification » (c’est à dire correspondant à un cycle de synthèse des brins complémentaires). A un moment donné, le signal émis par les brins complémentaires va passer au-dessus d’une certaine limite, donnant une valeur qu’on appelle Ct (pour « cycle threshold).

transcriptomique

Plus cette valeur est petite, plus la synthèse des brins complémentaires aura été rapide, signifiant que le nombre d’ARN d’intérêt, à la base, était élevé et que la protéine qu’il va donner sera fortement exprimée [3].

Cette technique est également applicable pour les ARNs non codants mais ne donnera évidemment pas d’information sur le taux d’expression futur d’une protéine, car un ARN non codant ne code pour aucune protéine, comme son nom l’indique. Qui plus est, la notion d’expression d’une protéine à partir de données de transcriptomique est complexe car la traduction (ARN en protéines) peut également être régulée à la hausse ou à la baisse. La notion la plus importante est donc purement quantitative, avec un taux d’expression des ARN, reflétant l’activité génique et éventuellement la synthèse protéique.

Que fait-on des données de transcriptomique ?

Mesurer l’expression des gènes dans différents tissus, âge ou conditions physiopathologiques, comme on le fait grâce à l’étude du transcriptome, permet de mieux comprendre comment un gène donné sera régulé et donne des informations importantes concernant le fonctionnement et les besoins d’un organe donné [4]. La transcriptomique peut également être utilisée pour trouver de nouvelles fonctions à un gène et/ou découvrir de nouveaux gènes. Toutes ces applications mènent évidemment à une meilleure compréhension des maladies, de leurs fonctionnements et de leurs facteurs de risques génétiques [4]. En parallèle à ces informations, la transcriptomique permet aussi une analyse de la totalité des ARNs, comprenant les ARN codants dont nous avons parlé (ou ARN messager ou ARNm), mais également les ARNs non codants.

Les ARNs non codants : des perspectives d’avenir

transcriptomique

Il est désormais acquis qu’environ 70% du génome est transcrit en ARN mais que seulement 2% donneront des protéines [5]. Les ARNs non codants sont donc largement majoritaires et regroupent [6]:

  • les miARNs, ou micro-ARNs, des petits ARNs d’environ 20 paires de base qui ont un rôle majeur dans la régulation de l’expression génique. En effet, ils ont la possibilité de se fixer à l’ARNm, empêchant sa traduction en protéine par différent mécanismes : soit l’ARNm est détruit, soit l’ARNm est déstabilisé, soit l’ARNm va tout de même jusqu’au ribosome mais ne sera pas capable de traduire correctement la protéine.
  • les ARNt, dits de transfert, dont le rôle est de lier les amino-acides aux ARNm au sein des ribosomes lors de la traduction. De ce fait, les ARNt sont nécessaires à la traduction et à la biosynthèse des protéines en accord avec la séquence génétique.
  • les ARNr, ou ARN ribosomaux, contenus dans les ribosomes et dont le rôle est central dans la traduction. Ces ARNr sont parmi les plus anciens et sont extrêmement conservés entre les espèces. Ils servent très souvent de référence lors des analyses de transcriptomique.
  • les siARNs, ou ARNs interférents (« small-interfering RNA »), similaires aux miARNs mais intervenant dans des voies de signalisation différentes. Ils ont un rôle important dans la régulation de la traduction car leur association avec les ARNm entraîne leur destruction (et l’absence de production de protéines). Leur forme synthétique est très largement utilisée dans l’industrie pharmaceutique et la recherche.
  • les piwiARNs ou piARN (pour « piwi-interfering »), qui interagissent avec les protéines piwi, des protéines régulatrices capables de se lier à l’ARN. Lorsque les piwiARNs forment un complexe avec leur protéines cibles, ils peuvent réguler des phénomènes épigénétiques et post-transcriptionnels.
  • les snoARNs (pour « Small-NucleOlar »), des petits ARNs associés aux modifications (méthylation, entre autres) des autres ARNs.
  • les snARNs (pour « small nuclear »), qui aide à la synthèse des ARNm.
  • les exARNs (pour « exosomal »), de petits ARNs ou portions d’ARN présents à l’extérieur des cellules dans ce qu’on appelle les exosomes (des petites vésicules).
  • les lncARNs (pour « long non coding »), des ARNs non codants plus longs (environ 200 paires de bases), dont la fonction est encore débattue.

La découverte des ARNs non codants, en particulier les ARN interférents, a valu le prix Nobel de physiologie et médecine au Pr Fire et au Pr Mello en 2006. La raison de cette récompense est simple: leur découverte était cruciale à la compréhension de la régulation des ARNm, un processus relativement flou. Les miARNs et siARNs sont actuellement les plus étudiés car ils ont la capacité d’envoyer un signal de dégradation à la cellule pour détruire les ARNm qu’ils régulent. Qui plus est, ils ont été retrouvés dans le sang, ce qui en fait des biomarqueurs importants des processus biologiques et des pathologies [7].

Grâce à l’avancée des techniques de transcriptomique, il est désormais possible de détecter ces petits ARNs dans le sang, dans les organes et parfois au niveau d’une seule cellule. Cela a donné lieu à une vague de publications scientifiques depuis le début des années 2000, étudiant les relations entre ARNs non codants et pathologies. Par exemple, le niveau d’expression de miR-21 est augmenté dans les maladies cardiovasculaires, celui de miR-155 est augmenté dans les situations inflammatoires, celui de miR-9 est augmenté dans la maladie d’Alzheimer, celui de miR-126 est diminué dans les diabètes ou celui de miR-150 est augmenté dans l’athérosclérose [8]. La table ci-contre résume les miARNs impliqués dans les maladies liées au vieillissement.

Ces miARNs circulants sont a priori de bons biomarqueurs de certaines maladies et conditions physiologiques. Ce sont également de nouvelles pistes pour développer des médicaments capable de réguler la synthèse protéique et peut-être participer à la guérison de ces pathologies liées à l’âge. Du fait de leur taille et de leur capacité à passer la barrière hémato-encéphalique, ce sont aussi de bons candidats thérapeutiques eux-mêmes. Dans le cancer, les miARNs et le lncARNs sont extrêmement prometteurs, avec des dérégulations importantes [9, 10]. L’injection de miR-16 chez des souris modèles du cancer de la prostate a notamment démontré la régulation à la baisse de la cible de ce miARN et une diminution de la masse tumorale [11].

transcriptomique
Image issue de la revue de Jung HJ, Suh Y. Circulating miRNAs in Ageing and Ageing-Related Diseases. Journal of genetics and genomics = Yi chuan xue bao. 2014;41(9):465-472. doi:10.1016/j.jgg.2014.07.003.

La transcriptomique au service du vieillissement

Au delà du rôle des ARNs non codants en tant que biomarqueurs et cibles thérapeutiques, ce sont également des ARNs qui peuvent être régulés au cours de la vie. Par exemple, la télomérase, une enzyme qui ajoute des segments protecteurs à nos chromosomes pour éviter la perte d’information au cours des divisions cellulaires (voir dossier télomères), est ce qu’on appelle une reverse transcriptase. Ce type d’enzyme est capable de rétro-transcrire un ARN en ADN et c’est ce qu’il se passe au niveau des télomères : la télomérase est porteuse d’ARN spécifique qu’elle va ajouter au bout de nos chromosomes une fois transformé en ADN [12]. Ces ARNs non codants sont des protecteurs centraux de notre génome et leur niveau diminue avec l’âge, tout comme l’activité de la télomérase.

En parallèle, les profils transcriptomiques globaux (pas seulement les ARNs non codants) de nos cellules varient également au cours du vieillissement. Dans nos cellules immunitaires, les ARNs impliqués dans l’inhibition de l’autophagie (système de détoxification de la cellule) étaient augmentés alors que ceux impliqués dans la régulation de la phosphorylation oxydative (production d’oxydants), la synthèse du cytosquelette ou la réponse à l’insuline étaient diminués [13]. Dans le cerveau, et plus particulièrement la matière grise, les ARNm des voies de prolifération, d’adhérence et de différentiation cellulaire étaient régulés à la baisse en parallèle d’une augmentation des ARNm impliqués dans les les voies inflammatoires, suggérant une diminution des processus de régénération cellulaire et une augmentation de la neuro-inflammation avec l’âge [14, 15]. Il apparaît d’ailleurs que ces changements se produisent plus rapidement chez la femme, expliquant probablement la prévalence plus importante des maladies neurodégénératives dans ce segment de la population [16].

Des nouvelles découvertes ont lieu tous les jours et de plus en plus d’équipes s’intéressent au vieillissement en temps que tel. Une étude de 2014 s’est notamment lancée dans une étude du transcriptome sanguin de plus de 2500 personnes dans le cadre du vieillissement physiologique (sans pathologies associées). Ils ont mis en évidence que les voies d’activation des lymphocytes T, d’élongation des ARN lors de la transcription, de cytolyse et des processus métaboliques liés à l’ADN étaient tous modifiés et que ces modifications étaient associés à l’espérance de vie [17]. Chez la souris, une autre équipe de recherche s’est intéressée à la différence entre le vieillissement physiologique et le vieillissement pathologique. Ils ont ainsi prélevé régulièrement des biopsies de cinq organes, le foie, le rein, la rate, le poumon et le cerveau, tout au long de la vie des souris et étudié leur transcriptome. Au cours du temps, les chercheurs ont mis en évidence des changements liés au vieillissement, parfois accentués ou complétés par des changements liés aux pathologies qui apparaissent avec l’âge [18].

Toutes ces approches combinées offrent une vue complémentaire des données de génomique et permettent d’appréhender le vieillissement sous différents angles : à la fois implémenter les outils diagnostiques et thérapeutiques, mais aussi découvrir de nouvelles voies ou de nouveaux gènes impliqués dans les modifications de notre corps et de ses fonctions au cours de la vie.

Tout notre dossier Approches « omics »

Les approches « omics » : mieux comprendre notre vieillissement

omics

Qu’est-ce qu’il se cache derrière les approches « omics » ? Quand on parle de génomique, transcriptomique ou protéomique, à quoi s’intéresse-t-on ? Un petit guide pour mieux comprendre !

Partie 1 : Parlons peu, parlons génomique !

Difficile de ne pas s’étendre sur la génomique et toutes ses applications. C’est la plus ancienne des approches « omics » mais c’est aussi celle qui est la plus étudiée. Elle a donné naissance au concept d’épigénétique et ouvert la porte à des espoirs jusque là impossibles !

Partie 2 : La transcriptomique, une science en constante évolution.

La découverte des ARN non codants a valu un prix Nobel, c’est dire l’importance de cette discipline. La transcriptomique c’est l’ouverture d’un champ de possibles, la découverte de nouveaux mécanismes et la compréhension progressive de la régulation de la transcription.

Partie 3 : Protéomique, un meli-melo de disciplines

La protéomique, c’est avant tout une approche multiple, prenant en compte les interactions avec d’autres disciplines, notamment la génomique, et faisant appel à des concepts intercroisés avec l’immunologie, la fonction cellulaire ou la nutrition.

Partie 4 : La métabolomique, la dernière-née des « omics »

« Last but not least » comme diraient nos amis anglophones. La métobolomique, c’est la compréhension de réseaux de régulation complexes et la découverte quotidienne de nouveaux acteurs dans les communications entre nos cellules.

Références :

[1] Wang Z, Gerstein M, Snyder M, RNA-Seq: a revolutionary tool for transcriptomics. Nat Rev Genet. 2009; 10(1):57-63

[2] Schena M, Shalon D, Davis RW, Brown PO, Quantitative monitoring of gene expression patterns with a complementary DNA microarray. Science. 1995; 270(5235):467-70

[3] Alwine JC, Kemp DJ, Stark GR, Method for detection of specific RNAs in agarose gels by transfer to diazobenzyloxymethyl-paper and hybridization with DNA probes. Proc Natl Acad Sci U S A. 1977; 74(12):5350-4

[4] Han Y, Gao S, Muegge K, Zhang W, Zhou B. Advanced Applications of RNA Sequencing and Challenges. Bioinformatics and Biology Insights. 2015;9(Suppl 1):29-46

[5] Bertone P, Stolc V, Royce TE, Rozowsky JS, Urban AE, Zhu X, Rinn JL, Tongprasit W, Samanta M, Weissman S, Gerstein M, Snyder M, Global identification of human transcribed sequences with genome tiling arrays. Science. 2004; 306(5705):2242-6

[6] Hirose T, Mishima Y, Tomari Y. Elements and machinery of non-coding RNAs: toward their taxonomy. EMBO Reports. 2014;15(5):489-507

[7] Ling H, Fabbri M, Calin GA. MicroRNAs and other non-coding RNAs as targets for anticancer drug development. Nature reviews Drug discovery. 2013;12(11):847-865

[8] Jung HJ, Suh Y. Circulating miRNAs in Ageing and Ageing-Related Diseases. Journal of genetics and genomics. 2014;41(9):465-472

[9] Gutschner T, Diederichs S. The hallmarks of cancer: A long non-coding RNA point of view. RNA Biology. 2012;9(6):703-719

[10] Berindan-Neagoe I, Monroig P, Pasculli B, Calin GA. MicroRNAome genome: a treasure for cancer diagnosis and therapy. CA: a cancer journal for clinicians. 2014;64(5):311-336

[11] Iguchi H, Kosaka N, Ochiya T, Secretory microRNAs as a versatile communication tool. Commun Integr Biol. 2010; 3(5):478-81

[12] Ly H, Blackburn EH, Parslow TG. Comprehensive Structure-Function Analysis of the Core Domain of Human Telomerase RNA. Molecular and Cellular Biology. 2003;23(19):6849-6856

[13] Reynolds LM, Ding J, Taylor JR, et al. Transcriptomic profiles of aging in purified human immune cells. BMC Genomics. 2015;16(1):333

[14] Kochunov P, Charlesworth J, Winkler A, et al. Transcriptomics of cortical gray matter thickness decline during normal aging. NeuroImage. 2013;0:273-283

[15] Kang HJ, Kawasawa YI, Cheng F, et al. Spatiotemporal transcriptome of the human brain. Nature. 2011;478(7370):483-489

[16] Yuan Y, Chen Y-PP, Boyd-Kirkup J, Khaitovich P, Somel M. Accelerated aging-related transcriptome changes in the female prefrontal cortex. Aging Cell. 2012;11(5):894-901

[17] Van den Akker EB, Passtoors WM, Jansen R, et al. Meta-analysis on blood transcriptomic studies identifies consistently coexpressed protein–protein interaction modules as robust markers of human aging. Aging Cell. 2014;13(2):216-225

[18] Melis JPM, Jonker MJ, Vijg J, Hoeijmakers JHJ, Breit TM, van Steeg H. Aging on a different scale – chronological versus pathology-related aging. Aging (Albany NY). 2013;5(10):782-788

Dr. Marion Tible

Marion Tible Long Long Life

Author/Reviewer

Auteure/Relectrice

Marion Tible has a PhD in cellular biology and physiopathology. Formerly a researcher in thematics varying from cardiology to neurodegenerative diseases, she is now part of Long Long Life team and is involved in scientific writing and anti-aging research.

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Marion Tible est docteur en biologie cellulaire et physiopathologie. Ancienne chercheuse dans des thématiques oscillant de la cardiologie aux maladies neurodégénératives, elle est aujourd’hui impliquée au sein de Long Long Life pour la rédaction scientifique et la recherche contre le vieillissement.

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Dr Guilhem Velvé Casquillas

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Lithium : un anti-psychotique contre le vieillissement ?

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Lithium : d’un traitement de l’humeur à un agent anti-âge

Le lithium est utilisé en médecine sous forme de sel, dont le principe actif est l’ion Li+. Il fait partie de la famille des thymorégulateurs, ou régulateurs de l’humeur. Initialement un traitement contre les troubles bipolaires et certaines formes de schizophrénies, le lithium fait aujourd’hui l’objet d’espoirs importants en terme de lutte contre le vieillissement.

Intérêt
Preuve d'efficacité
Accessibilité

Chez Long Long Life, nous ne vendons pas ces produits car nous pensons que c’est le prix de la liberté. Nous ne sommes pas des intermédiaires de vente.

Puisque nous n’avons pas d’intérêt financier, nous pouvons vous dire toute la vérité sur les traitements développés à l’heure actuelle pour lutter contre le vieillissement et vous offrir la meilleure information possible.

Un ion contre les troubles de l’humeur et la goutte

Historiquement, le lithium était utilisé contre la goutte et les rhumatismes, notamment en cures thermales ou sous forme de cataplasmes. Il a plus tard été prouvé que ces remèdes étaient plein de bon sens, le lithium diminuant l’inflammation au niveau des cartilages en impactant leur réponse aux cytokines, comme IL1β et NFκB [1]. Depuis plus de 30 ans, les sels de lithium sont également le traitement de première intention des troubles bipolaires. Il est très efficace dans les phases maniaques, diminue l’amplitude des phases dépressives et limite les pensées suicidaires [2]. Cependant, son mécanisme d’action est flou et les chercheurs essaient encore à l’heure actuelle d’élucider son rôle dans ces processus neuronaux complexes.

Le lithium contre le vieillissement ?

C’est en cherchant, qu’ils ont trouvé de nouvelles applications pour le lithium. En effet, il semblerait que les télomères des personnes prenant de faibles doses de lithium sur de longues durées (plus de 30 mois) soient plus long d’environ 35%, indiquant une protection contre le raccourcissement des télomères [3]. Cet effet était d’autant plus important que la réponse au traitement par le lithium était bonne (sans rechute ou effets secondaires). Chez le rat, une équipe a commencé à apporter des éléments de réponse afin de comprendre comment le lithium permettait de modifier la taille des télomères : il semblerait ainsi que la régulation à la hausse du gène codant pour la télomérase, Tert, soit impliquée, et que ce mécanisme passerait par la β-caténine [4] (voir dossier télomères).

Plusieurs études ont également été menées dans les maladies neurodégénératives, prouvant que l’action du lithium passerait par l’inhibition de GSK3β. Cette enzyme, au centre de la voie de signalisation Wnt canonique (une voie impliquée dans la différenciation cellulaire et le cancer majoritairement), a un rôle prépondérant dans la neuroprotection et la neurogénèse. Lorsqu’elle est activé, elle peut déclencher des phénomènes pathologiques amenant à la survenue de maladies comme le diabète, certains cancers et surtout, certaines maladies neurodégénératives, comme Alzheimer [5]. Le lithium, en entrainant indirectement son inhibition, diminue le risque de maladies liées à l’âge. Parallèlement, l’inhibition de GSK3β augmenterait aussi la longévité chez la drosophile [6].

En plus de son effet sur GSK3β, le lithium semble impliqué dans des phénomènes spécifiques des maladies neurodégénératives : il diminue l’amyloïde dans la maladie d’Alzheimer [7] et a un effet protecteur contre les symptômes de la maladie de Parkinson [8].

  • Nombre de publications : plus de 4000
  • Molécule disponible : sur prescription
  • Mode d’administration : par voie orale
  • Posologie : chez les bipolaires entre 500 mg et 1,5 g / jour. Pour obtenir un effet anti-âge, il semblerait qu’une petite dose entre 20 et 50 mg / jour soit suffisante [9].

Le lithium n’est pas à prendre sans avis médical. Il est connu pour ses effets bénéfiques mais présente également des effets secondaires non négligeables. Parmi eux, il n’est pas rare pour un patient d’avoir la bouche sèche, des troubles digestifs parfois accompagnés de nausées ou encore des difficultés d’élocution. Dans ces cas là, il est nécessaire d’en parler avec votre médecin pour éventuellement adapter la dose quotidienne ou envisager d’autres médicaments pouvant diminuer ces effets secondaires.

Il existe aussi un débat quant à la toxicité rénale du lithium [10]. Chez les insuffisants rénaux, il est aujourd’hui déconseillé de prendre de fortes doses et d’adapter éventuellement le traitement au cours du temps.

Enfin, les études sur l’augmentation de la longévité ont été effectuées chez le vers C. Elegans, la drosophile, la souris et le rat. A l’heure actuelle, en dehors de l’effet sur la longueurs des télomères, aucune étude n’a été validée chez l’Homme.

[1] Thompson CL, Yasmin H, Varone A, Wiles A, Poole CA, Knight MM. Lithium chloride prevents interleukin‐1β induced cartilage degradation and loss of mechanical properties. Journal of Orthopaedic Research. 2015;33(10):1552-1559

[2] Geddes JR, Burgess S, Hawton K, Jamison K, Goodwin GM, Long-term lithium therapy for bipolar disorder: systematic review and meta-analysis of randomized controlled trialls, Am J Psychiatry, 2004;161:217–222

[3] Martinsson L, Wei Y, Xu D, et al. Long-term lithium treatment in bipolar disorder is associated with longer leukocyte telomeres. Translational Psychiatry. 2013;3(5):e261

[4] Wei YB, Backlund L, Wegener G, Mathé AA, Lavebratt C. Telomerase Dysregulation in the Hippocampus of a Rat Model of Depression: Normalization by Lithium. International Journal of Neuropsychopharmacology. 2015;18(7):pyv002

[5] Jope RS, Yuskaitis CJ, Beurel E. Glycogen synthase kinase-3 (GSK3): inflammation, diseases, and therapeutics. Neurochemical Research. 2007;32(4-5):577–95

[6] Castillo-Quan JI, Li L, Kinghorn KJ, et al. Lithium Promotes Longevity through GSK3/NRF2-Dependent Hormesis. Cell Reports. 2016;15(3):638-650

[7] Sofola-Adesakin O, Castillo-Quan JI, Rallis C, et al. Lithium suppresses Aβ pathology by inhibiting translation in an adult Drosophila model of Alzheimer’s disease. Frontiers in Aging Neuroscience. 2014;6:190

[8] Lieu CA, Dewey CM, Chinta SJ, et al. Lithium prevents parkinsonian behavioral and striatal phenotypes in an aged parkin mutant transgenic mouse model. Brain research. 2014;0:111-117

[9] Nunes MA, Schöwe NM, Monteiro-Silva KC, et al. Chronic Microdose Lithium Treatment Prevented Memory Loss and Neurohistopathological Changes in a Transgenic Mouse Model of Alzheimer’s Disease. Holscher C, ed. PLoS ONE. 2015;10(11):e0142267

[10] Rej S, Elie D, Mucsi I, Looper KJ, Segal M.Chronic kidney disease in lithium-treated older adults: a review of epidemiology, mechanisms, and implications for the treatment of late-life mood disorders. Drugs Aging. 2015;32(1):31-42

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Dr. Marion Tible

Marion Tible Long Long Life

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Auteure/Relectrice

Marion Tible has a PhD in cellular biology and physiopathology. Formerly a researcher in thematics varying from cardiology to neurodegenerative diseases, she is now part of Long Long Life team and is involved in scientific writing and anti-aging research.

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Marion Tible est docteur en biologie cellulaire et physiopathologie. Ancienne chercheuse dans des thématiques oscillant de la cardiologie aux maladies neurodégénératives, elle est aujourd’hui impliquée au sein de Long Long Life pour la rédaction scientifique et la recherche contre le vieillissement.

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Transhumanisme et vieillissement : Lettre Fight Aging! 23 avril 2018

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Fight Aging! Extraits

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Extraits de Fight Aging! :

  • La restriction calorique comme « l’intervention anti-âge la plus judicieuse »
  • La lutte contre le vieillissement et la lutte contre l’âgisme
  • La médecine régénératrice en tant qu’approche pour traiter la maladie d’Alzheimer
  • CXCR4 comme indicateur de l’implication de la microglie dans les maladies neurodégénératives
  • Résultats d’un essai chez l’humain de MitoQ, antioxydant des mitochondries

La restriction calorique comme « l’intervention anti-âge la plus judicieuse »

La pratique de la restriction calorique ralentit le vieillissement chez presque toutes les espèces et lignées testées à ce jour. Elle produit d’importants bienfaits pour la santé humaine. Malheureusement, l’allongement de la durée de vie diminue à mesure que la durée de vie des espèces augmente. Bien que la restriction calorique prolonge la durée de vie maximale chez la souris et la durée de vie médiane chez les petits primates à vie courte de 40 % ou plus, il est peu probable qu’elle ait un effet de plus de cinq ans lorsqu’il s’agit de la durée de vie humaine. Cela dit, la restriction calorique est de loin le moyen le plus robuste et le mieux testé parmi les rares moyens disponibles pour ajuster la durée de vie. S’agit-il, comme les auteurs de ce document, de « l’intervention anti-âge la plus raisonnable » ?

La fiabilité est bonne, mais l’ampleur de l’effet est également importante. Les personnes à faible apport calorique vieillissent et meurent à peu près au même rythme que le reste d’entre nous, juste à peine moins rapidement. Les bonnes pratiques de santé ne peuvent pas ajouter des décennies à la vie : les trois quarts des personnes les plus en santé sont mortes avant l’âge de 90 ans, même si on leur a donné accès aux meilleures technologies médicales au cours des cinquante dernières années. La restriction calorique, comme l’exercice, est quelque chose que tout le monde devrait considérer parce qu’elle est essentiellement gratuite et comporte certains avantages. Mais la durée de vie future sera déterminée par de nouvelles technologies médicales telles que les thérapies sénolytiques, construites sur le modèle SENS de réparation des dommages qui causent le vieillissement, et non par la restriction calorique ou la recréation de certains de ses effets par le biais de produits pharmaceutiques.

Des recherches sur la biologie du vieillissement sont menées depuis des siècles. Les courbes de survie montrant la proportion de survie d’une population par rapport au temps sont un moyen intuitif d’illustrer la durée de vie entière d’un groupe d’organismes et demeurent un élément clé de la recherche sur le vieillissement. Diverses interventions anti-âge ont été démontrées pour prolonger la durée de vie d’organismes modèles allant des nématodes aux mouches à fruits en passant par les rongeurs, avec des rapports contradictoires chez les singes rhésus. Ces interventions comprennent principalement la restriction calorique (CR), les manipulations génétiques et l’administration pharmaceutique.

Toutefois, on ne sait toujours pas si ces interventions prolongent la durée de vie par le biais de modèles universels ou distincts. Traditionnellement, dans la recherche sur le vieillissement, les données de survie issues d’expériences sur la durée de vie sont principalement analysées dans l’étude originale, et les données ne sont pas collectées et stockées ensemble. Les méta-analyses se limitent principalement soit à des sous-ensembles suffisamment importants de données de survie acquises dans des conditions identiques, soit à l’application de méthodes tenant compte de facteurs supplémentaires variables. Les méta-analyses publiées des données sur la survie ont surtout évalué la RC. Par exemple, selon les rapports, la RC prolonge significativement la durée de vie, et la proportion de l’apport en protéines est plus importante pour l’allongement de la durée de vie que le degré de RC. Aucune étude n’a démontré si la RC, la manipulation génétique ou l’administration pharmaceutique est supérieure pour prolonger la durée de vie et retarder le vieillissement.

Nous avons tenté ici de résoudre cette question en effectuant une méta-analyse complète et comparative des schémas d’effets de ces différentes interventions et de leurs mécanismes correspondants par le biais de courbes de survie. Nous avons concentré nos analyses sur Caenorhabditis elegans et Drosophila, des systèmes modèles puissants et largement utilisés dans la recherche sur le vieillissement. Nous avons développé un algorithme qui nous a permis de combiner plusieurs souches de ces espèces à partir d’un grand nombre d’études et d’extraire des tendances générales à partir de résultats pertinents.

Notre étude a indiqué que la RC et les manipulations génétiques sont des moyens efficaces pour retarder la sénescence. L’effet de la RC est supérieur à celui de la manipulation génétique chez Caenorhabditis elegans, mais similaire à celui de la manipulation génétique chez la drosophile. La manipulation génétique chez les mammifères est confrontée à de nombreux problèmes et risques, et la RC, y compris les changements dans la composition du régime alimentaire, l’alimentation limitée dans le temps ou les mimétiques de la RC, pourrait être une approche plus faisable pour les humains. Ces considérations et nos résultats appuient la responsabilité d’entreprise en tant qu’intervention anti-âge réalisable et efficace.

La lutte contre le vieillissement et la lutte contre l’âgisme

Si l’on pense que les personnes âgées sont inférieures, épuisées, finies, alors le reste de la population serait-il moins susceptible d’appuyer les efforts visant à aider les personnes âgées ? L’âgisme est certainement un phénomène réel, mais il est intéressant de se demander s’il s’agit d’un facteur majeur dans les défis auxquels nous sommes confrontés pour persuader le monde de soutenir le travail sur les thérapies de rajeunissement. Considérez que les personnes qui ont suffisamment d’influence et de richesse pour orienter la recherche et le développement en médecine sont en grande partie plus âgées, et non plus jeunes. Dans la mesure où l’âgisme est un problème, je dois dire qu’il me semble probable qu’il s’agit pour les personnes âgées d’accepter le manteau de ce préjugé sur elles-mêmes. Ou peut-être s’agit-il de l’ancienne et déclinante mise en œuvre de la discrimination à l’égard des personnes âgées et a décliné. Mais ce n’est qu’un point de vue ; l’auteur, un membre de longue date de notre communauté de défenseurs des droits des patients, soutient que l’âgisme est une préoccupation centrale.

Pour moi, les efforts pour contrer le vieillissement biologique et la lutte contre l’âgisme chronologique sont les deux faces d’une même médaille. Mais pour beaucoup, ce n’est probablement pas le cas. D’abord, il ne s’agit pas d’une question à laquelle les gens pensent en général. Et pourtant, toutes les personnes qui atteignent l’âge adulte et plus encore sont frappées à la fois par le vieillissement biologique et par l’âgisme au cours de leur vie. Si vous travaillez sur la lutte contre le vieillissement biologique, vous travaillez déjà sur la lutte contre une forme d’âgisme. Et j’espère aussi que si vous vous considérez comme quelqu’un qui lutte contre l’âgisme, vous reconnaîtrez que comprendre le vieillissement biologique et soutenir les efforts scientifiques visant à prolonger la durée de vie en bonne santé pourrait être le moyen le plus efficace de soutenir la vie des personnes âgées à long terme.

L’Organisation mondiale de la santé définit l’âgisme comme étant les stéréotypes, les préjugés et la discrimination à l’égard des personnes sur la base de l’âge. Ce que j’aimerais faire valoir, c’est qu’il existe deux formes d’âgisme discriminatoire, mais qu’une seule d’entre elles a un lien avec l’âge biologique. Le premier type est l’âgisme intergénérationnel, et la principale machine impliquée ici est l’âge chronologique. Si vous pensez que les effets délétères du vieillissement biologique sont la cause principale ou la seule cause de préjugés contre les personnes âgées, imaginez un monde où le vieillissement biologique n’existe pas, alors que les enfants naissent encore et que les nouvelles générations développent leur propre culture et leurs propres références. Il semble clair que dans un monde comme celui-là, l’âgisme et les tensions entre les générations seraient encore un problème. Le vieillissement biologique n’est pas nécessaire pour que l’âgisme se produise.

Pour le second type : l’existence du vieillissement biologique et les signes visibles du vieillissement biologique déclenchent-ils l’âgisme de l’âge par eux-mêmes ? Oui, c’est l’âgisme classique, enraciné dans un préjugé positif pour les jeunes, et il a une longue, longue histoire dans la culture humaine. Ce type d’âgisme déclenché biologiquement va dans un sens, car il n’affecte que les personnes âgées par définition.

Vous avez peut-être deviné l’argument que je vais construire : les gens qui travaillent sur des interventions pour contrer les processus du vieillissement biologique travaillent en même temps à éliminer les différences physiologiques et cognitives entre les personnes biologiquement âgées et les personnes biologiquement jeunes. Ainsi, ils luttent non seulement contre le vieillissement biologique, mais aussi contre l’âgisme biologique. En minimisant les différences entre les âges biologiques et en maximisant les différences entre les âges chronologiques, il sera difficile pour les décideurs d’intégrer l’âgisme dans le tissu même des entreprises et autres institutions.

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La médecine régénératrice en tant qu’approche pour traiter la maladie d’Alzheimer

Les auteurs de ce document à accès libre examinent le potentiel de la médecine régénérative pour traiter la maladie d’Alzheimer, par exemple en augmentant la production de nouveaux neurones ou en délivrant des neurones par transplantation. Bien qu’il y ait eu une sorte d’exode de l’hypothèse amyloïde ces derniers temps, étant donné la litanie d’échecs dans les essais cliniques visant à réduire l’amyloïde dans le cerveau, il semble toujours clair que les agrégats protéiques (amyloïde et tau) occupent une position centrale dans la progression de la neurodégénérescence. Stimuler l’entretien des tissus cérébraux par la génération de neurones est un objectif bénéfique en soi, mais en tant que traitement compensatoire, il ne peut pas suffire à lui seul à faire reculer la neurodégénérescence causée principalement par des facteurs tels que les déchets métaboliques et l’inflammation chronique.

La maladie d’Alzheimer (MA) est une maladie neurodégénérative chronique caractérisée par un déclin cognitif progressif. Des efforts considérables ont été déployés pour mettre au point de nouvelles thérapies permettant d’inverser la progression de la maladie. Une perte neuronale importante est observée même chez les patients atteints de la MA légère. Intuitivement, l’augmentation du nombre de neurones ou le remplacement de neurones perdus sont des stratégies thérapeutiques potentielles pour la MA. Les cellules souches sont capables de se renouveler continuellement et de se différencier en cellules spécialisées, y compris les neurones.

Le processus de génération de nouveaux neurones fonctionnels à partir de cellules progénitrices neuronales, qui sont incorporées fonctionnellement dans un circuit neuronal, est défini comme la neurogenèse. Chez différentes espèces, la régénération neurale se produit principalement au niveau du gyrus denté de l’hippocampe et de la zone sous-ventriculaire le long du ventricule latéral. Notamment, le gyrus denté, qui joue un rôle crucial dans les processus de formation de la mémoire, est lié à la perte précoce de mémoire dans la maladie d’Alzheimer. Le déclin de la neurogenèse accompagne le vieillissement normal. Dans le cas de la MA, l’accumulation de preuves suggère que la neurogenèse altérée joue un rôle dans sa pathogénie. De multiples molécules impliquées dans la pathogenèse de la MA, comme ApoE, PS1 et APP, ont été reconnues pour participer à la modulation de la neurogenèse. Par conséquent, la compréhension du mécanisme de dysfonctionnement de la neurogenèse et de l’intervention avec la neurogenèse représente une stratégie thérapeutique alternative de la MA.

En général, la neurogenèse peut être modulée par de multiples facteurs liés au mode de vie, y compris l’apprentissage, l’exercice, l’interaction sociale, la restriction calorique, le niveau d’oxygène dans le sang et même la colonisation microbienne. À cet égard, la promotion d’un mode de vie sain exerce au moins un léger effet sur la prévention ou le contrôle de la MA à long terme. Outre la modification du mode de vie, qui exerce des effets légers, plusieurs études pionnières ont identifié des molécules ou des médicaments clés qui sauvent ou inversent le dysfonctionnement des CSN dans les modèles animaux âgés, comme l’échange de plasma.

La greffe de cellules souches pour remplacer les neurones perdus est une autre stratégie réalisable intuitivement. Cependant, des études ont confirmé que le principal avantage de la transplantation de cellules souches est un effet neurosécrétoire. Divers facteurs neurotrophiques impliqués dans la modulation de multiples fonctions cellulaires qui favorisent l’amélioration des caractéristiques pathologiques et cognitives dans les modèles animaux ont été reconnus. Il y a eu un intérêt commercial croissant pour transformer les progrès actuels de la transplantation en pratique clinique sur des patients humains.

CXCR4 comme indicateur de l’implication de la microglie dans les maladies neurodégénératives

Le document en libre accès dont il est question ici fait état de l’utilisation d’une analyse génétique pour faire la lumière sur l’importance relative des mécanismes partagés dans une gamme de pathologies neurodégénératives dans lesquelles l’agrégation tau est considérée comme importante. Les chercheurs trouvent des associations dans l’expression génique entre ces pathologies qui suggèrent que le dysfonctionnement microglial est un déterminant commun important de la progression de la maladie.

Si l’on examine toutes les maladies neurodégénératives les plus courantes, les patients présentent un certain nombre de mécanismes qui se chevauchent et qui semblent plausibles en tant que causes immédiates de dysfonctionnement et de mort des cellules cérébrales. Certaines conditions partagent l’agrégation de protéines endommagées comme l’amyloïde-β et la tau. La plupart partagent des altérations nuisibles dans le comportement des cellules immunitaires telles que la microglie, causant ou répondant à un état d’inflammation chronique élevée. La progression du vieillissement vasculaire, qui entraîne un apport insuffisant d’oxygène et de nutriments, ainsi qu’un dysfonctionnement mitochondrial, sont également fréquents dans les affections neurodégénératives. Toutes ces observations, malheureusement, nous en disent beaucoup moins que ce que nous aimerions sur les causes et les effets du vieillissement du cerveau. Tous les signes progressent avec le temps, et en l’absence de technologies qui peuvent soigneusement bloquer l’un de ces signes, afin de voir ce qui se passe ensuite, il est très difficile de déterminer la causalité par la seule observation.

La découverte de l’architecture génétique commune aux maladies neurodégénératives peut élucider les mécanismes sous-jacents des maladies communes et promouvoir la détection précoce des maladies et les stratégies d’intervention. La paralysie supranucléaire progressive (PSP), la démence frontotemporale (FTD), la maladie de Parkinson (PD) et la maladie d’Alzheimer (AD) sont des troubles neurodégénératifs associés à l’âge qui ont un impact émotionnel et financier important sur les patients et la société. Malgré une présentation clinique variable, la PSP, la MA et la FTD sont caractérisées par un dépôt anormal de protéine tau dans les neurones et/ou les cellules gliales. Alors que la PD est classiquement caractérisée par des dépôts d’alpha-synucléine, des études récentes confirment le rôle de la tau et des enchevêtrements neurofibrillaires dans la modification des symptômes cliniques de la PD et du risque de maladie.

Les études d’association à l’échelle du génome (GWAS) et les études de gènes candidats ont identifié des polymorphismes nucléotidiques simples (SNP) dans MAPT (qui code tau) qui augmentent le risque de PSP, FTD, AD et PD. Cependant, au-delà du MAPT, l’étendue du chevauchement génétique entre ces maladies et sa relation avec les processus pathogènes communs observés dans les PSP, FTD, AD et PD restent mal compris. Ici, à l’aide de méthodes validées précédemment, nous avons évalué le risque génétique commun à l’ensemble des PSP, PD, FTD et AD. Nous avons ensuite appliqué des outils moléculaires et bioinformatiques pour élucider le rôle de ces gènes à risque partagé dans les maladies neurodégénératives.

Nous avons identifié le CXCR4 comme un nouveau locus associé à un risque accru de PSP et de PD. Nous avons constaté que le CXCR4 et les gènes associés sur le plan fonctionnel présentent une expression altérée dans un certain nombre de maladies neurodégénératives. Dans un modèle murin de tauopathie, CXCR4 et les gènes fonctionnellement associés ont été altérés en présence d’une pathologie tau. Ensemble, nos résultats suggèrent que les altérations de l’expression du CXCR4 et des gènes microgliaux associés peuvent contribuer à la neurodégénérescence associée à l’âge. Malgré l’absence d’une forte association génétique entre ces trois maladies neurodégénératives, nous avons constaté que l’expression du CXCR4 a été altérée dans des cerveaux qui sont pathologiquement confirmés pour la PSP, la PD et la FTD. Ainsi, ces résultats appuient notre hypothèse selon laquelle ces trois troubles neurodégénératifs partagent des voies pathobiologiques communes.

CXCR4 est une protéine réceptrice de chimiokine avec de larges fonctions régulatrices dans le système immunitaire et le développement neurologique. Il a été démontré que le CXCR4 régularise le guidage neuronal et l’apoptose par la signalisation astrogliale et l’activation microgliale. De plus, il a été démontré que le CXCR4 est impliqué dans la régulation du cycle cellulaire à travers p53 et Rb. Nos résultats fournissent des preuves supplémentaires que le dysfonctionnement immunitaire et microglial contribue à la pathophysiologie de la PSP, PD et FTD. Ces résultats ont des implications importantes pour les travaux futurs axés sur la surveillance de l’activation microgliale comme marqueur de la progression de la maladie et sur la mise au point de thérapies anti-inflammatoires pour modifier l’issue de la maladie chez les patients atteints de maladies neurodégénératives.

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Résultats d’un essai chez l’humain de MitoQ, antioxydant des mitochondries

Une gamme de composés antioxydants ciblant les mitochondries a été mise au point au cours de la dernière décennie ou plus : SkQ1, SS-31, et MitoQ, le sujet de l’essai ici. Le consensus actuel dans le milieu de la recherche est que les antioxydants ordinaires sont probablement, tout compte fait, quelque peu nocifs s’ils sont utilisés à long terme. Ils sabotent le besoin de signalisation oxydative pour la réponse bénéfique à l’exercice, par exemple. Les antioxydants ciblant les mitochondries, d’autre part, semblent ralentir modérément le vieillissement chez diverses espèces et se sont révélés un traitement efficace pour certaines affections caractérisées par l’inflammation et le stress oxydatif, c’est-à-dire la production excessive de molécules oxydantes et les dommages causés à la machinerie moléculaire. On peut débattre au cas par cas de la mesure dans laquelle il s’agit d’un traitement compensatoire par opposition au traitement d’une question causale spécifique dans un état donné.

Les mitochondries dans les cellules génèrent des molécules oxydantes au cours de la production de réserves d’énergie chimique pour alimenter les processus cellulaires. Une augmentation modérée de la production peut se traduire par des avantages globaux, car les cellules réagissent avec une augmentation des activités ménagères. Cependant, une forte augmentation de la production est nuisible et apparaît au fur et à mesure que le vieillissement progresse en raison de l’accumulation de lésions mitochondriales. Il augmente le niveau de lipides oxydés dans la circulation sanguine, un facteur contribuant à l’athérosclérose. Elle peut entraîner le dysfonctionnement des cellules, bien que les détails soient variés et spécifiques aux tissus. Elle peut stimuler l’inflammation chronique. Dans cet essai, il est intéressant de voir la confirmation de ces différents thèmes, avec un accent sur le système vasculaire dans le vieillissement, bien que je pense que les données sur la vitesse de l’onde de pouls sont mélangées au mieux. La réduction du cholestérol LDL oxydé est plus intéressante et plus convaincante si l’on considère que ce résultat est l’objectif des statines.

Les maladies cardiovasculaires (MCV) demeurent la principale cause de morbidité et de mortalité dans les sociétés développées. L’avancement de l’âge est le principal facteur de risque de MCV, qui est en grande partie médiatisé par des modifications défavorables des artères. Deux caractéristiques du vieillissement vasculaire qui sont des antécédents clés des MCV sont le développement d’un dysfonctionnement endothélial, tel qu’évalué par une dilatation endothéliale réduite (EDD), et le raidissement des grandes artères élastiques. Le dysfonctionnement vasculaire avec l’âge est la conséquence d’un stress oxydatif excessif lié aux superoxydes, dont une grande partie est d’origine mitochondriale. Étant donné l’augmentation prévue de la prévalence des maladies cardiovasculaires au cours des prochaines décennies, principalement en raison de l’augmentation du nombre d’adultes d’âge moyen et plus âgés (MA/O), l’identification de nouvelles stratégies visant à réduire l’excès d’espèces réactives de l’oxygène mitochondrial (mtROS) pour améliorer la fonction vasculaire et réduire le risque de maladies cardiovasculaires dans cette population est une priorité biomédicale.

MitoQ est un antioxydant ciblant les mitochondries, constitué d’ubiquinol, antioxydant naturel fixé à un cation lipophile ; la lipophilie et la charge positive de ce composé lui permettent de traverser les membranes cellulaires et de s’accumuler dans la matrice face à la surface de la membrane interne mitochondriale où il est positionné de façon optimale pour réduire les mtROS. MitoQ est maintenant disponible comme supplément alimentaire et a récemment été administré de façon chronique (3 semaines) à de jeunes adultes en santé sans effets indésirables. Cependant, à l’heure actuelle, l’efficacité de la supplémentation chronique en MitoQ pour améliorer la fonction vasculaire chez les adultes sains atteints d’une AMM/O est inconnue. Par conséquent, nous avons cherché à traduire nos résultats précliniques chez l’humain en menant le premier essai clinique randomisé, à double insu et contrôlé par placebo avec MitoQ chez l’humain sain et tardif.

Le MitoQ était bien toléré et le MitoQ plasmatique était plus élevé après le traitement qu’après le placebo. La dilatation à médiation par le débit artériel de l’artère brachiale était de 42 % plus élevée après MitoQ par rapport au placebo ; l’amélioration était associée à l’amélioration de la suppression de la fonction endothéliale par les espèces réactives de l’oxygène réactif mitochondrial liées à la suppression de la fonction endothéliale. La rigidité aortique (mesurée par la vitesse de l’onde de pouls carotidien-fémoral) était plus faible après MitoQ par rapport au placebo chez les participants ayant des niveaux de base élevés. La LDL (lipoprotéine de basse densité), un marqueur du stress oxydatif, était également plus faible après MitoQ par rapport au placebo. Ces résultats chez l’homme prolongent les observations précliniques antérieures et suggèrent que MitoQ et d’autres stratégies thérapeutiques ciblant les espèces réactives mitochondriales de l’oxygène peuvent être prometteuses pour le traitement de la dysfonction vasculaire liée à l’âge.

 

Un polymorphisme de p53 favorable à la longévité

Long Long Life polymorphisme p53

Un polymorphisme de p53 favorable à la longévité

La protéine p53 a été largement étudiée en cours des dernières décennies pour son rôle prépondérant dans le développement de cancers. Bien qu’elle impacte la durée de vie de l’Homme à travers son mécanisme anti-tumoral, son lien direct avec le vieillissement et la longévité est loin d’être parfaitement compris. Une étude récente parue dans eLife [1] s’est penchée sur le sujet en étudiant un polymorphisme du gène codant pour p53 afin de comprendre son influence sur la longévité et les mécanismes qui y sont associés.

On sait depuis longtemps que l’expression du gène muté codant pour p53 modifie la fonction de la protéine, avec des conséquences parfois contradictoires en terme de longévité [2]. De plus, le gène codant pour p53 présente, chez l’Homme, un polymorphisme commun au niveau de son codon 72, induisant l’expression soit d’une proline (P72) soit d’une arginine (R72). Différentes études épidémiologiques sur ce polymorphisme et son association avec la durée de vie d’individus ont permis de mettre en avant le fait que l’allèle P72 augmente le risque de cancers prématurés mais est favorable à la longévité. Au contraire, l’allèle R72 protégerait mieux contre le développement de cancer mais n’a pas d’effet positif sur la longévité [3].

Une étude expérimentale in vivo du polymorphisme

Long Long Life polymorphisme p53
Long Long Life polymorphisme p53

Jusqu’à récemment, très peu, voire aucune étude expérimentale sur ce polymorphisme n’avait été faite. Mais dans cette nouvelle étude, des expériences ont été menées sur des souris génétiquement modifiées pour porter le gène humain. Les résultats ont montré que l’allèle P72 avait une activité anti-tumorale plus faible, mais les souris qui ne développaient pas de cancer présentaient une durée de vie supérieure aux souris porteuses de l’autre polymorphisme. Elles arborent aussi un phénotype lié à l’âge plus tardivement que les autres souris. Les chercheurs pensent que ceci est lié aux capacités fonctionnelles et d’auto-renouvellement des cellules souches, cruciales pour lutter contre le vieillissement, qui sont meilleures chez ces souris [2].

Les analyses expérimentales sur la souris montrent des résultats similaires aux données extraites des études épidémiologiques effectuées chez l’Homme. Cela consolide l’idée que ce polymorphisme joue un rôle dans la longévité. De plus, il a été conservé au cours de l’évolution, suggérant son association avec la pérennité de l’Homme. Enfin, cette expérience apporte des preuves génétiques que le polymorphisme du codon 72 du gène humain codant pour p53 influence la longévité in vivo.

Références :

[1] Zhao et al. eLife 2018;7:e34701. DOI: https://doi.org/10.7554/eLife.34701.

[2] Peter L.J. de Keizer, Rémi‐Martin Laberge and Judith Campisi, p53: Pro‐aging or pro‐longevity? AGING, July 2010, Vol.2 No.7.

[3] Zhaohui Feng, Meihua Lin, and Rui Wu, The Regulation of Aging and Longevity: A New and Complex Role of p53, Genes & Cancer / vol 2 no 4 (2011).

Anne Fischer

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Anne is studying medicine science at the Institute of Pharmaceutical and Biological Science in Lyon and she has graduated with a Bachelor’s degree in molecular and cellular biology at the University of Strasbourg.

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Anne étudie les sciences du médicament à l’Institut des Sciences Pharmaceutiques et Biologiques de Lyon. Elle est titulaire d’une licence en biologie moléculaire et cellulaire de l’Université de Strasbourg.

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Partie 1 : Parlons peu, parlons génomique et vieillissement !

génomique

La génomique, on le rappelle, c’est l’étude du génome, c’est à dire, la totalité de notre ADN. Quand on sait que si l’on dépliait la totalité de l’ADN contenu dans notre corps, on pourrait couvrir 1000 fois la distance de la Terre au Soleil, on se demande parfois comment il est possible d’analyser une telle quantité de données !

Comment analyse-t-on un génome ?

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En 1953, Watson & Crick, deux chercheurs se basant sur les données crystallographiques de Wilkins & Franklin, ont réussi à élucider la structure de l’ADN, ouvrant un tout nouveau champ d’étude, notamment concernant les processus de réplication et de transcription de l’ADN. Le séquençage était encore loin mais l’idée a germé chez les chercheurs et en 1965, le premier transcriptome a été séquencé, celui d’une levure, Saccharomyces cerevisiae [1]. Cependant, l’ARN c’est bien, l’ADN c’est mieux ! Les avancées technologiques ont permis de développer différentes techniques de séquençage, qui ont valu un prix Nobel de chimie à Gilbert & Sanger en 1970. Enfin, en 1977, le premier génome à être entièrement séquencé appartenait à un virus bactériophage [2].

En quoi consiste le séquençage ?

Séquençage par la méthode de Sanger [3] – par synthèse enzymatique

C’est la technique la plus utilisée actuellement et de nombreuses améliorations lui ont été apportées depuis les années 70. Le principe est relativement simple et basé sur le même mécanisme que la réplication naturelle de l’ADN : une amorce (une petite séquence d’ADN) va initier la synthèse d’un brin d’ADN complémentaire à celui que l’ont veut séquencer, une ADN polymérase va procéder à l’élongation de ce brin, puis un mélange de désoxyribonucléotides (dATP, dCTP, dGTP et dTTP) et de di-désoxyribonucléotides (ddATP, ddCTP, ddGTP ou ddTTP) va être introduit dans le mélange. Les désoxyribonucléotides vont être intégrés normalement et participer à la synthèse du brin d’ADN (et donner l’adénine, la cytosine, la guanine et la thymine, les quatre bases de l’ADN). En revanche, les di-desoxyribonucléotides (des homologues des désoxyribonucléotides mais n’ayant pas le groupement chimique nécessaire à l’action de l’ADN-polymérase), vont s’intégrer au brin en cours de synthèse et provoquer sa cassure. Ainsi, si l’on a introduit du ddCTP au mélange, le brin en cours de synthèse va se couper à chaque cytosine. Pour un séquençage complet, il suffit de recommencer la manœuvre avec les trois di-désoxyribonucléotides restants. L’expérimentateur se retrouvera avec des fragments d’ADN de différentes longueurs pour lesquels il saura exactement à quel di-désoxyribonucléotide ils se sont cassés. Chaque fragment est analysé et remis dans l’ordre suivant son poids moléculaire, permettant de retrouver la séquence exacte de l’ADN.

Séquençage par la méthode de Gilbert [4] – par dégradation chimique

Contrairement à la méthode de Sanger, la méthode Gilbert repose sur une dégradation de l’ADN : le but est de réaliser des coupures sélectives grâce à des procédés chimiques brisant l’ADN en fragments, qui seront remis dans l’ordre par la suite. Une fois l’ADN d’intérêt marqué avec un traceur radioactif, il est dénaturé (double brin vers simple brin) et soumis à des modifications chimiques, mises au point par Gilbert lui-même, spécifiques de chaque base constituant l’ADN. A l’endroit de la modification, l’ADN est ensuite coupé puis chaque fragment est analysé et remis dans l’ordre suivant son poids moléculaire (comme pour la méthode de Sanger).

Comment séquencer un génome entier ?

Les deux techniques dont nous venons de parler ont été largement améliorées depuis leur découverte, notamment en terme de préparation des échantillons, de séparation et de détection des fragments d’ADN. Ces avancées ont permis d’automatiser le séquençage avec des machines de plus en plus performantes. Cependant, le génome entier fait plusieurs milliards de bases et aucune machine n’a aujourd’hui la capacité de traiter autant d’information. Il est nécessaire de préparer l’ADN, en le traitant avec des enzymes de restrictions ou des ultrasons, le but étant d’obtenir des fragments que l’on pourra séquencer. L’arrivée de la bio-informatique et des nanotechnologies a également révolutionné le domaine pour créer la génomique telle qu’on la connait actuellement.

HTS, NGS, microarray, GWAS… quésaco ?

Les dernières évolutions du séquençage ont donné naissance à beaucoup d’acronymes, pas toujours faciles à comprendre. HTS veut dire « High-Throughput Sequencing » soit « séquençage à haut débit ». Il est souvent associé aux NGS, « Next Generation Sequencing » ou « séquençage nouvelle génération », car les deux approches ont vu le jour au début des années 2000 et se recoupent [5]. Le but de ces techniques est d’augmenter le nombre de séquences décodées par série d’analyse, jusqu’à quelques millions de fragments d’ADN, tout en baissant le prix de ces tests. Elles ont bouleversé la génomique en rendant accessible, en terme de temps et de finances, des études jusque là complexes et couteuses. Elles permettent également, et c’est une révolution en soi, d’analyser une seule copie d’ADN, rendant ainsi possible des analyses sur de tous petits échantillons [5].

Le pyroséquençage, qui fait partie des HTS/NGS, est actuellement le plus utilisé : il se base sur la méthode de Sanger mais utilise des nucléotides pyrophosphatés à la place des di-desoxyribonucléotides. Lorsqu’ils sont incorporés dans le brin d’ADN en cours de synthèse, au lieu de stopper l’élongation, ils vont libérer un pyrophosphate qui va être transformé et émettre une lumière. On obtient au final un graphe avec des pics qui correspondent à l’incorporation des nucléotides marqués, et dont la hauteur reflète le nombre de nucléotides intégrés à la séquence d’ADN. Avec des outils bioinformatiques, il est ensuite possible de déterminer la séquence de l’ADN. L’intérêt majeur de cette technique est l’analyse en parallèle de plusieurs milliers de fragments, permettant d’obtenir des résultats en quelques heures [5].

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Les puces à ADN, ou « DNA-microarray« , utilisent un tout autre mécanisme : des séquences connus d’ADN sont fixées sur une plaque (la puce) et l’ADN à tester est injecté sur cette surface. Lorsqu’il est complémentaire d’une séquence sur la puce, il s’hybride, émet une lumière détectable et on obtient un spectre d’hybridation qui peut nous donner plusieurs informations : niveau d’expression d’un gène donné, mutations, séquençage, interactions avec d’autres molécules… [6]

L’approche GWAS, « Genome-Wide Association Studies » ou « études d’associations pangénomique », est une technique de génétique croisée à la génomique. Comme son nom l’indique, elle étudie les mutations génétiques, non pas au niveau d’un gène mais en prenant en compte la totalité du génome. Ce n’est pas une technique de séquençage à proprement parler, mais elle permet d’identifier des mutations rapidement et avec fiabilité [7]. Elle met en évidence majoritairement ce qu’on appelle les SNP, « single nucleotide polymorphism », qui correspondent à des mutations ponctuelles d’une seule base au sein d’un séquence d’ADN complète. Elle met ensuite ces SNP en lien avec des maladies connues, permettant ainsi de faire le lien entre la survenue d’une mutation et une situation pathologique [7].

Plus récemment, les « single-cell genomics » ont fait leur apparition, avec comme ambition d’obtenir des informations sur l’ADN d’une seule cellule [8]. Contrairement aux autres techniques qui tirent leurs données de milliers de cellules, cette approche souhaite prendre en compte l’hétérogénéité des populations cellulaires et la diversité génomique existant entre les cellules d’un même organe.

La génomique appliquée aux pathologies du vieillissement

Nous avons parlé des différentes techniques d’analyse du génome, à présent que faire des données obtenues ? Le séquençage donne des milliers d’informations qu’il faut ensuite traiter. L’application évidente est la corrélation entre les modifications du génome et les maladies existantes, une approche similaire au GWAS. Grâce au séquençage, on peut également identifier des mutations apparaissant de novo, des mutations rares que d’autres techniques ne permettent pas de discerner ou mettre en évidence des variants de gènes, nous donnant de nouvelles perspectives thérapeutiques [6].

Génétique, génomique et épigénomique

La génétique diffère de la génomique par son approche plus ciblée, s’intéressant à un gène spécifique, à ses mutations possibles et à sa transmission. La génomique, on l’a vu, s’intéresse au génome entier et à ses variations. Ce type d’étude à donné naissance à de nouveaux domaines de recherche, dont le plus important est l’épigénomique : un mélange de génomique et d’épigénétique. Comme la génomique et la génétique, l’épigénomique diffère de l’épigénétique par son sujet d’étude, le génome, ou plus précisément l’épigénome, qui représente l’ensemble des modifications du matériel génétique d’une cellule (lien vers le dossier épigénétique).

En combinant ces approches, on obtient des cartes génomiques, indiquant les mutations, les polymorphismes, les variants génétiques ou encore le taux de méthylation de l’ADN [9].

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Le Cancer

Plusieurs équipes dans le monde se sont intéressées à la comparaison du génome de cellules normales à celui de cellules cancéreuses, tout particulièrement en termes de variants structurels. Un variant structurel c’est un petit segment d’ADN dont la séquence reste la même mais qui change de conformation (inversion, translocation) donnant lieu à une diversité cellulaire, bénéfique uniquement jusqu’à un certain stade [10]. Ces variants sont impliqués dans beaucoup de maladies, lorsque leur taux augmente, mais restent très difficiles à détecter. Les techniques de génomique sont les seules à pouvoir les identifier et ce, grâce à l’utilisation d’algorithmes mathématiques permettant une analyse si fine des données qu’il peuvent retrouver des variants nucléotidiques rares (quelques bases et non plus un segment entier)[11, 12]. La mise au point de techniques d’analyse dites WGS (whole-genome sequencing) a également permis d’identifier des mutations apparaissant de novo, c’est à dire non héritées depuis les parents. Conrad et al. ont d’ailleurs estimé ces mutations à environ 74 par lignée germinale (celle qui donne les ovules et les spermatozoides) [13]. Ces mutations sont particulièrement délétères et intéressantes pour les maladies sporadiques, car non soumises à la sélection naturelle qui a lieu lors du passage d’un gène d’un individu à l’autre.

Ces approches sont très complémentaires et permettent aujourd’hui de valider ce que les pathologistes voyaient sous le microscope, à savoir que toutes les cellules cancéreuses ne se ressemblent pas forcément. Plusieurs équipes ont démontré cette hétérogénéité, à la fois phénotypique et génétique [14], en ajoutant une notion évolutive. En effet, les tumeurs primaires et les métastases ne semblent pas avoir exactement le même génome et s’adaptent aux pressions externes, comme la chimiothérapie. Ces informations ont rendu possibles la caractérisation correcte des différents types de tumeurs et la prédiction de l’évolution ou de la rechute d’un cancer. Au-delà de cette aide diagnostique et préventive, la génomique permet aussi d’envisager des thérapies ultra-ciblées et personnalisées [15].

Les maladies neurodégénératives

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En utilisant des échantillons sanguins, cérébro-spinaux ou cérébraux, plusieurs équipes se sont attelées au décryptage du génome des maladies neurodégénératives, et plus particulièrement Alzheimer, la plus étudiée et la plus prévalente. Grâce à leurs travaux, des gènes ont été identifiés, notamment APOE, CD33 ou EPHA1, et leurs polymorphismes semblent associés au développement de la maladie d’Alzheimer. Par exemple, CR1 (chromosome 1) et CLU (chromosome 8) ont deux loci (une zone polymorphique spécifique du gène) très fortement associés à la survenue d’une maladie d’Alzheimer [17]. En plus de ces découvertes, la génomique a aussi permis de trouver des mutations jusque là inconnues sur les gènes « classiques » de la maladie d’Alzheimer, en particulier APP (codant pour le précurseur de l’amyloide) et MAPT (codant pour la protéine Tau) (voir dossier Alzheimer).

Enfin, la contribution la plus importante de la génomique dans ce type de maladies consiste en l’étude de l’épigénome, une discipline fille de la génomique. De plus en plus, l’étude de la méthylation, du repliement et des modifications de l’ADN, ainsi que l’étude des phénomènes de régulation de l’expression génique, sont des outils capitaux pour comprendre la mise en place des pathologies neurodégénératives [18]. Pour plus d’informations, vous pouvez aller voir ce site (en anglais), qui répertorie toutes les études génomiques publiques en cours. On retrouve le même type d’études pour les maladies cardiovasculaires et les pathologies métaboliques comme le diabète. Toutes les études GWAS sont répertoriées sur ce site (en anglais) et mettent en évidence, 11 gènes pour la maladie d’Alzheimer, 42 gènes pour les maladies cardiovasculaires et 25 gènes pour le diabète, dont les polymorphismes et/ou mutations sont liés à l’apparition et/ou à la gravité de ces pathologies.

Vers une génomique anti-âge ?

La génomique peut également être utilisée pour déterminer la propension d’une cellule à devenir sénescente et plusieurs études ont déjà démontré une différence entre les phénotypes sénescents et les autres [19]. Des gènes de régulation du vieillissement ont également été identifiés, avec des polymorphismes prédisposant à une durée de vie plus ou moins longue. C’est le cas de CEBPB, un gène impliqué dans le métabolisme musculaire et dont les polymorphismes sont des facteurs de risque à la survenue des sarcopénies liées à l’âge, qui diminuent beaucoup l’espérance de vie [20].

Grâce à toutes ces recherches en génomique, des centaines de chercheurs ont pu déterminer des dénominateurs communs prédisposant aux maladies liées à l’âge. Au-delà d’une approche diagnostique, beaucoup d’entre nous espèrent voir un jour apparaitre un arsenal thérapeutique et préventif afin de prendre en charge le vieillissement dans sa globalité.

Tout notre dossier Approches « omics »

Les approches « omics » : mieux comprendre notre vieillissement

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Qu’est-ce qu’il se cache derrière les approches « omics » ? Quand on parle de génomique, transcriptomique ou protéomique, à quoi s’intéresse-t-on ? Un petit guide pour mieux comprendre !

Partie 1 : Parlons peu, parlons génomique !

Difficile de ne pas s’étendre sur la génomique et toutes ses applications. C’est la plus ancienne des approches « omics » mais c’est aussi celle qui est la plus étudiée. Elle a donné naissance au concept d’épigénétique et ouvert la porte à des espoirs jusque là impossibles !

Partie 2 : La transcriptomique, une science en constante évolution.

La découverte des ARN non codants a valu un prix Nobel, c’est dire l’importance de cette discipline. La transcriptomique c’est l’ouverture d’un champ de possibles, la découverte de nouveaux mécanismes et la compréhension progressive de la régulation de la transcription.

Partie 3 : Protéomique, un meli-melo de disciplines

La protéomique, c’est avant tout une approche multiple, prenant en compte les interactions avec d’autres disciplines, notamment la génomique, et faisant appel à des concepts intercroisés avec l’immunologie, la fonction cellulaire ou la nutrition.

Partie 4 : La métabolomique, la dernière-née des « omics »

« Last but not least » comme diraient nos amis anglophones. La métobolomique, c’est la compréhension de réseaux de régulation complexes et la découverte quotidienne de nouveaux acteurs dans les communications entre nos cellules.

Références

[1] R.W. Holley, et al., Structure of a ribonucleic acid, Science, 1965;147:1462–1465

[2] Sanger, et al., Nucleotide sequence of bacteriophage phi X174 DNA, Nature 1977;265:687–695

[3] F. Sanger, A. Coulson, A rapid method for determining sequences in DNA by primed synthesis with DNA polymerase, J. Mol. Biol. 1975;94:441–448

[4] M. Maxam, W. Gilbert, A new method for sequencing DNA, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1977;74:560–564

[5] JA. Reuter, DV. Spacek, MP. Snyder, High-Throughput Sequencing Technologies, Molecular Cell, 2015;58(4):Pages 586-597

[6] DC. Koboldt, KM. Steinberg, DE. Larson, RK. Wilson, ER. Mardis, The Next-Generation Sequencing Revolution and Its Impact on Genomics, Cell, 2013;155(1):27-38

[7] Marchini J, Howie B. « Genotype imputation for genome-wide association studies ». Nature Reviews. Genetics. 2010;11(7):499–511

[8] Macaulay IC, Voet T. Single Cell Genomics: Advances and Future Perspectives. Maizels N, ed. PLoS Genetics. 2014;10(1):e1004126

[9] Ben-Avraham D, Muzumdar RH, Atzmon G. Epigenetic genome-wide association methylation in aging and longevity. Epigenomics. 2012;4(5):503-509

[10] Tattini L, D’Aurizio R, Magi A. Detection of Genomic Structural Variants from Next-Generation Sequencing Data. Frontiers in Bioengineering and Biotechnology. 2015;3:92

[11] C.T. Saunders, W.S. Wong, S. Swamy, J. Becq, L.J. Murray, R.K. Cheetham Strelka: accurate somatic small-variant calling from sequenced tumor-normal sample pairs, Bioinformatics, 2012;28:1811-1817

[12] K. Cibulskis, M.S. Lawrence, S.L. Carter, A. Sivachenko, D. Jaffe, C. Sougnez, S. Gabriel, M. Meyerson, E.S. Lander, G. Getz Sensitive detection of somatic point mutations in impure and heterogeneous cancer samples, Nat. Biotechnol., 2013;31:213-219

[13] D.F. Conrad, J.E. Keebler, M.A. DePrist et al., 1000 Genomes Project, Variation in genome-wide mutation rates within and between human families, Nat. Genet., 2011;43:712-714

[14] P.J. Campbell, S. Yachida, L.J. Mudie et al. The patterns and dynamics of genomic instability in metastatic pancreatic cancer, Nature, 2010;467:1109-1113

[15] Uzilov AV, Ding W, Fink MY, et al. Development and clinical application of an integrative genomic approach to personalized cancer therapy. Genome Medicine. 2016;8:627

[16] Antunez C., Boada M., Gonzalez-Perez A., Gayan J., Ramirez-Lorca R., Marin J. The membrane-spanning 4-domains, subfamily A (MS4A) gene cluster contains a common variant associated with Alzheimer’s disease. Genome Med. 2011;3:33

[17] Lambert J.C., Heath S., Even G., Campion D., Sleegers K., Hiltunen M. Genome-wide association study identifies variants at CLU and CR1 associated with Alzheimer’s disease. Nat Genet. 2009;41:1094–1099

[18] Condliffe D., Wong A., Troakes C., Proitsi P., Patel Y., Chouliaras L. Cross-region reduction in 5-hydroxymethylcytosine in Alzheimer’s disease brain. Neurobiol Aging. 2014;35:1850–1854

[19] Pilling LC, Harries LW, Powell J, Llewellyn DJ, Ferrucci L, Melzer D. Genomics and Successful Aging: Grounds for Renewed Optimism? The Journals of Gerontology Series A: Biological Sciences and Medical Sciences. 2012;67A(5):511-519

[20] Hicks GE, Shardell M, Alley DE, Miller RR, Bandinelli S, Guralnik J, Lauretani F, Simonsick EM, Ferrucci L, Absolute strength and loss of strength as predictors of mobility decline in older adults: the InCHIANTI study. J Gerontol A Biol Sci Med Sci. 2012;67(1):66-73

Dr. Marion Tible

Marion Tible Long Long Life

Author/Reviewer

Auteure/Relectrice

Marion Tible has a PhD in cellular biology and physiopathology. Formerly a researcher in thematics varying from cardiology to neurodegenerative diseases, she is now part of Long Long Life team and is involved in scientific writing and anti-aging research.

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Marion Tible est docteur en biologie cellulaire et physiopathologie. Ancienne chercheuse dans des thématiques oscillant de la cardiologie aux maladies neurodégénératives, elle est aujourd’hui impliquée au sein de Long Long Life pour la rédaction scientifique et la recherche contre le vieillissement.

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Dr Guilhem Velvé Casquillas

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Physics PhD, CEO NBIC Valley, CEO Long Long Life, CEO Elvesys Microfluidic Innovation Center

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